가공거래에 따른 부가가치세와 법인세의 부과제척기간은 별도로 판단해야 함  [수원지방법원 2023. 10. 18. 2022구합78457]

부가가치세 부과 제척기간과 법인세 부과 제척기간의 별도 판단

1. 사건 개요

2013년 귀속 부가가치세 등 부과처분 취소 소송으로, 원고는 중고장비 매입과 관련하여 부가가치세 부과처분, 법인세 부과처분 및 대표자 상여 소득금액변동통지를 받았습니다. 원고는 이 사건 각 처분이 부과제척기간을 위반하였다고 주장하며 소송을 제기했습니다.

2. 쟁점

• 부가 가치세 부과 제척 기간: 가공 거래의 경우 10년의 제척 기간 적용 여부
• 법인세 부과 제척 기간: 가공 거래에 따른 10년의 제척 기간 적용 여부
• 중복 세무조사 해당 여부: 이전 세무조사 이후 추가 세무조사의 적법성
• 가공 거래 여부: 중고장비 매입 거래의 실질적 진위 여부

3. 법원의 판단

3.1. 부가가치세 부과처분

• 판단: 이 사건 중고장비 매입은 가공거래로 인정되었으나, 원고가 중고장비 매입세액을 거래처에 지급하였으므로 부가가치세는 5년의 부과제척기간을 적용해야 한다고 판단했습니다.
• 결론: 부가가치세 부과처분은 5년의 제척기간이 경과하여 위법하므로 취소되어야 합니다.

3.2. 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지 처분

• 판단: 이 사건 매입이 가공거래이므로, 법인세 및 대표자 상여 소득금액변동통지는 10년의 부과제척기간을 적용하는 것이 적법하다고 판단했습니다.
  • 원고의 법인세 신고와 관련하여 사기나 그 밖의 부정한 행위가 있었다고 인정했습니다.
  • DD세무서장의 거래사실 여부 확인은 재조사에 해당하는 세무조사로 볼 수 없다고 판단했습니다.
  • 이 사건 거래가 가공거래라고 판단했습니다.
• 결론: 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지 처분은 적법합니다.

4. 판결 결과

• 부가가치세 부과처분 취소: 원고의 부가가치세 부과처분 취소 청구는 인용되었습니다.
• 나머지 청구 기각: 원고의 나머지 청구, 즉 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지 처분 취소 청구는 기각되었습니다.
• 소송비용: 소송비용은 원고와 피고가 각 분담하도록 판결했습니다.

5. 시사점

이 판례는 부가가치세와 법인세의 부과제척기간 적용에 있어 가공거래의 판단과 그에 따른 법리 적용의 중요성을 보여줍니다. 특히, 부가가치세는 실질적인 세액 지급 여부에 따라 제척기간이 달라질 수 있으며, 법인세는 가공 거래에 대한 적극적인 은닉 행위가 있었다면 10년의 제척기간이 적용될 수 있다는 점을 강조합니다. 또한, 중복 세무조사에 대한 판단 기준과 가공 거래 여부를 판단하는 구체적인 기준을 제시하고 있습니다.

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