법인 과세단위가 다르면 특례제척기간이 적용되지 않음 (서울행정법원 2019구합53693)

과세단위가 다르면 특례제척기간이 적용되지 아니함  [서울행정법원 2019. 8. 22. 2019구합53693]

법인 과세단위가 다르면 특례제척기간이 적용되지 않음 (서울행정법원 2019구합53693)

사건 개요

본 판례는 법인세 부과처분 취소 청구 사건으로, 과세 단위가 다를 경우 특례제척기간 적용 여부를 다룹니다.

  • 사건번호: 2019구합53693
  • 법원: 서울행정법원
  • 선고일: 2019년 8월 22일
  • 주요 쟁점: 특례제척기간 적용 여부

사실관계

원고는 오픈마켓 운영 회사로, 판매회원에게 제공한 할인액을 부가가치세 과세표준에서 차감하여 신고했습니다. 피고는 이 할인액을 과세표준에 포함해야 한다고 판단하여 부가가치세를 추가 부과했고, 이에 원고는 법인세 경정청구를 통해 환급받았습니다. 이후 피고는 이 사건 확정판결에 따라 법인세를 다시 부과했지만, 부과제척기간이 만료되었는지, 특례제척기간이 적용되는지가 쟁점이 되었습니다.

  • 원고는 오픈마켓 운영 회사
  • 할인액을 부가가치세 과세표준에서 차감 신고
  • 피고는 부가가치세 추가 부과
  • 원고, 법인세 경정청구, 환급
  • 피고, 법인세 재부과
  • 쟁점: 부과제척기간 만료, 특례제척기간 적용 여부

법원의 판단

법원은 이 사건 처분이 부과제척기간이 경과한 후에 이루어졌으며, 특례제척기간 또한 적용될 수 없다고 판단했습니다.

1. 부과제척기간 도과 여부

법원은 2005년부터 2010년까지의 법인세 부과에 대한 제척기간이 모두 만료되었음을 확인했습니다.

  • 법인세 부과제척기간: 각 사업연도 종료일로부터 3개월 이내 신고, 신고기한 다음 날부터 5년
  • 피고의 처분은 부과제척기간 만료 후 이루어짐

2. 특례제척기간 적용 여부

법원은 확정된 판결의 기판력은 쟁송 대상이 된 과세단위에 제한된다고 판시했습니다. 부가가치세와 법인세는 세목과 과세단위가 다르므로, 부가가치세 관련 확정판결이 법인세 부과처분의 근거가 되는 특례규정의 ‘판결’에 해당하지 않는다고 보았습니다.

  • 특례제척기간은 해당 결정·판결에 따라 경정결정 등 필요한 처분을 할 수 있는 경우에 적용
  • 확정 판결의 기판력은 쟁송 대상 과세단위에 제한됨
  • 부가가치세와 법인세는 세목과 과세단위가 다름
  • 따라서, 부가가치세 관련 판결은 법인세 부과처분에 대한 특례규정 적용 근거가 될 수 없음

판결 결과

법원은 원고의 청구를 인용하여, 피고의 법인세 부과 처분을 취소했습니다.

  • 원고의 청구 인용
  • 피고의 법인세 부과 처분 취소

결론

이 판례는 과세단위가 다를 경우, 확정된 판결이 다른 과세단위의 처분에 특례제척기간을 적용하는 근거가 될 수 없음을 명확히 했습니다.

  • 과세단위가 다르면 특례제척기간 적용 불가
  • 확정 판결의 기판력 범위 중요성
  • 부과제척기간 준수의 중요성

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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