부가가치세 관련 물류비용 매입세액 공제 여부 판례 정리
1. 사건 개요
본 판례는 부가가치세 관련 물류비용의 매입세액 공제 가능 여부를 다룬 사건입니다.
원고는 물류대행업체에 지급한 물류 용역 비용에 대한 매입세액 공제를 주장했으나, 피고는 이를 거부하며 부가가치세 경정거부처분을 내렸습니다. 서울고등법원은 이 사건 물류 용역 비용이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당한다고 판단하여 원고의 청구를 기각했습니다.
2. 쟁점
핵심 쟁점은 물류 용역 비용이 과세사업인 물류대행업뿐만 아니라 과세·면세 겸영사업인 상품 유통업에도 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당하는지 여부입니다.
3. 법리적 판단
3.1. 관련 법규
구 부가가치세법 제17조 제1항 및 제2항 제6호에 따르면, 사업자는 매출세액에서 매입세액을 공제받을 수 있습니다. 그러나 면세 재화나 용역 공급에 관련된 매입세액은 공제되지 않습니다. 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항은 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 면세사업 관련 매입세액은 실지 귀속에 따라 계산하고, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 안분 계산하도록 규정하고 있습니다.
3.2. 사실관계 및 판단
법원은 원고가 물류대행업체에 지급한 물류 용역 비용이 단순히 물류대행업에만 관련된 것이 아니라, 원고의 상품 유통업에도 기여한다고 판단했습니다.
- 원고는 물류대행업체를 통해 협력업체의 상품을 보관, 관리하고, 직영점, 상품취급점, A클럽사업자 고객에게 배송하는 업무를 수행했습니다.
- 법원은 물류대행 용역에 상품 주문 처리, 검수, 보관(재고관리), 반품 처리 등 원고의 상품 유통업에 필요한 업무가 포함되어 있다고 보았습니다.
- 따라서 해당 물류 용역 비용은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 공통매입세액에 해당하며, 면세재화 관련 매출액 비율만큼 안분하여 매입세액 공제에서 제외되어야 한다고 판단했습니다.
4. 결론
서울고등법원은 원고가 물류대행업체에 지급한 물류 용역 비용이 상품 유통업에도 기여하는 부분이 있음을 인정하여, 해당 비용이 공통매입세액에 해당한다고 판결했습니다.
원고의 청구를 기각하고, 피고의 부가가치세 경정거부처분이 정당하다고 판단했습니다.
5. 시사점
이 판례는 부가가치세 관련 매입세액 공제 시,
해당 비용이 실제로 어떤 사업에 사용되었는지, 실질적인 효용이 어디에 미쳤는지를 중요하게 고려해야 함을 보여줍니다.
특히 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자는 매입세액 공제와 관련하여 꼼꼼한 분석과 적절한 안분 계산이 필요합니다.
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출처 : 법제처 국가법령정보센터
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