당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 특별한 사정이 있는 경우 재조사에 해당하지 않음 [대법원 2015. 3. 26. 2012두14224]
법인세 재조사 금지 규정 위반 여부: 대법원 2012두14224 판례 분석
본 판례는 법인세 재조사 금지 규정 위반 여부를 다루며, 특히 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 특별한 사정이 있는 경우 재조사에 해당하는지를 중점적으로 판시하고 있습니다.
1. 사건 개요
원고인 AA건설 주식회사는 법인세 부과 처분에 불복하여 소송을 제기하였으며, 대법원은 원심 판결을 유지하여 원고의 상고를 기각했습니다. 이 사건은 2002사업연도 법인세 부과 처분의 적법성을 다투는 과정에서 재조사 금지 규정 위반 여부가 쟁점이 되었습니다.
2. 쟁점 사항: 재조사 금지 규정 위반 여부
구 국세기본법 제81조의4 제2항은 “세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.”라고 규정하여, 원칙적으로 동일한 세목 및 과세기간에 대한 재조사를 금지하고 있습니다.
본 판례는 이러한 재조사 금지 규정의 예외 조항에 해당하여 재조사가 허용될 수 있는지 여부를 판단했습니다. 특히, 당초 세무조사가 모든 항목에 걸쳐 이루어지지 않은 경우, 즉 “특별한 사정”이 있는 경우에는 재조사 금지 규정의 예외로 보았습니다.
3. 판결 요지
대법원은 2000-2001사업연도에 대한 1차 세무조사 시 2002사업연도에 영향을 미친 업무무관가지급금에 대하여 경정한 후, 2002-2005사업연도에 대한 2차 세무조사 시 나머지 항목에 대하여 조사한 것은 “특별한 사정”이 있는 경우로서 재조사에 해당하지 않는다고 판결했습니다.
구체적으로, 서울지방국세청이 제1차 세무조사 당시 원고의 소외 회사들에 대한 구상금채권 등의 회수지연이 업무무관 가지급금에 해당한다고 보아 그에 국한하여 2002 사업연도에 관한 조사를 한 후, 제1차 세무조사 당시 조사한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 제2차 세무조사를 한 것은, 당초 세무조사 당시 다른 과세기간의 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 특별한 사정에 해당한다고 판단했습니다.
4. 판결의 의미
본 판례는 재조사 금지 규정의 예외 적용 범위를 구체화하여, 세무조사의 효율성과 납세자의 법적 안정성 사이의 균형을 모색했습니다. 특히, 당초 세무조사가 특정 항목에 국한되어 이루어진 경우, 나머지 항목에 대한 추가 조사가 필요한 “특별한 사정”이 있다면 재조사가 허용될 수 있다는 점을 명확히 했습니다.
5. 관련 법령
- 법인세법
- 국세기본법 제81조의4
- 법인세법 시행령
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출처 : 법제처 국가법령정보센터
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