법인세 경정청구 거부 처분 취소  [광주지방법원 2015. 6. 18. 2014구합11267]

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국조 법인세 경정청구 거부 처분 취소

1. 사건 개요

본 판례는 광주지방법원 2014구합11267 사건으로, 원고 AA주식회사가 여수세무서장을 상대로 제기한 법인세 경정청구 거부처분 취소 소송입니다. 귀속연도는 2012년이며, 2015년 6월 18일에 1심 판결이 내려졌습니다.

주요 쟁점은 법인세법상 구분경리의 적법성, 조세특례제한법상 중복지원 배제 규정의 적용, 그리고 외국인투자 세액감면과 임시투자세액공제 등의 중복 여부입니다.

2. 사실관계

가. 원고의 지위

원고 AA주식회사는 외국인투자기업으로, 독일 모법인의 100% 출자를 받아 화학제품, 의약품 등을 제조하는 회사입니다.

나. 원고의 시설 투자

원고는 1992년부터 2012년까지 6차례에 걸쳐 생산설비를 증설 투자했습니다. 이 사건에서는 6차 증설 투자 관련 세액공제 문제가 핵심 쟁점이 되었습니다.

다. 법인세 신고 및 경정청구

원고는 각 사업연도 법인세 신고 시 증자분 세액감면 계산법을 적용하여 외국인투자 세액감면을 계산했습니다. 2008년 법인세 경정청구를 통해 증자분 계산 방식을 인정받았으나, 2009년에는 과세관청으로부터 구분경리 불가능을 이유로 부과처분을 받았습니다.

2011년 및 2012년 사업연도 법인세 신고 시 원고는 이 사건 6차 증설 투자에 대해 임시투자세액공제 등을 적용하고, 외국인투자 세액감면과 중복되지 않도록 내국인투자비율을 곱하여 세액공제를 계산했습니다. 이후 경정청구를 통해 추가적인 세액공제를 주장했으나, 과세관청은 중복지원 배제 규정을 근거로 이를 거부했습니다.

라. 경정청구 거부처분

원고는 2013년 10월 25일, 2011년 및 2012년 사업연도 법인세 감액경정 청구를 했습니다. 그러나 과세관청은 외국인투자 세액감면과 임시투자세액공제 등의 중복 적용을 문제 삼아 경정청구를 거부했습니다.

3. 쟁점별 판단

가. 구분경리의 가능성

원고는 이 사건 6차 증설 투자로 추가된 설비와 기존 설비의 매출액 비율이 생산능력 비율과 같으므로, 구분경리가 가능하다고 주장했습니다. 법원은 이를 인정하여

구분경리가 가능하다는 원고의 주장을 받아들였습니다.

법원은 조세특례제한법 제143조 제1항 및 관련 법령에 근거하여, 생산능력 비율에 따른 구분경리가 적법하다고 판단했습니다.

나. 중복지원 해당 여부

원고는 이 사건 6차 증설 투자에 대해 임시투자세액공제를 받고, 종전 설비에 대해 외국인투자 세액감면을 받는 것이 중복지원에 해당하지 않는다고 주장했습니다. 법원은 조세특례제한법 제127조의 중복지원 배제 규정을 해석하며,

중복지원이 아니라는 원고의 주장을 받아들였습니다.

법원은 조세특례제한법 제127조가 내국인이나 거주자 단위가 아닌, 투자자산, 외국인투자지분, 사업장 등을 기준으로 중복지원을 판단한다고 해석했습니다. 또한, 이 사건 6차 증설 투자로 인한 소득에 대해 외국인투자 세액감면을 받지 않은 이상, 중복지원으로 볼 수 없다고 판단했습니다.

4. 결론

법원은 원고의 청구를 받아들여 피고의 경정거부처분을 취소했습니다.

이 판결은 구분경리의 적법성, 중복지원 배제 규정의 해석, 그리고 세액공제 적용에 대한 중요한 시사점을 제공합니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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