법인 본사 지방 이전 세액 감면과 세액 공제의 중복 적용 가능성

본사지방이전 세액감면과 이 사건 각 세액공제(연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제, 고용창출투자세액공제, 근로자 복지 증진을 위한 시설 투자에 대한 세액공제) 중복적용 가능 여부  [광주고등법원 2022. 10. 6. 2022누10619]

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법인 본사 지방 이전 세액 감면과 세액 공제의 중복 적용 가능성

1. 사건 개요

이 사건은 법인 본사의 지방 이전 시 세액 감면 혜택과 연구·인력 개발, 고용 창출 투자, 근로자 복지 증진을 위한 시설 투자에 대한 세액 공제를 중복하여 적용할 수 있는지 여부를 다룬 판례입니다. 광주고등법원은 2022년 10월 6일에 2016 사업연도 법인세 경정 거부 처분 취소 소송에서 이와 같은 쟁점에 대해 판단했습니다.

2. 쟁점

구 조세특례제한법 제127조 제10항에 따라 세액 감면과 세액 공제를 동시에 적용할 수 있는지 여부가 쟁점이었습니다. 구체적으로, 법인 본사의 지방 이전에 따른 세액 감면과 연구 및 인력 개발, 고용 창출 투자, 근로자 복지 증진을 위한 시설 투자에 대한 세액 공제의 중복 적용 가능성을 판단해야 했습니다.

3. 법원의 판단

가. 관련 법리

법원은 조세법률주의 원칙에 따라 조세 법규는 특별한 사정이 없는 한 문언대로 해석해야 하며, 합리적 이유 없이 확장 해석이나 유추 해석은 허용되지 않는다고 밝혔습니다.

나. 구 조세특례제한법 제127조 제10항 해석

1) 원고의 주장:

원고는 구분 경리가 이루어지면 세액 감면과 세액 공제의 각 대상 소득이 중복되는 경우에도 세액 감면과 세액 공제를 동시에 적용해야 한다고 주장했습니다.

2) 법원의 판단:

법원은 구 조세특례제한법 제127조 제10항의 최종적인 기준은 구분 경리 그 자체가 아니라 동일한 소득 또는 세액에 대하여 중복하여 감면과 공제가 이루어지는지 여부라고 판단했습니다.

① 중복 지원 금지 조항과 관련하여, 이 사건 세액 감면과 각 세액 공제는 동일한 소득 또는 세액에 대하여 중복 지원될 수 없다고 보았습니다.

② 구분 경리에 대한 조항은 중복 지원 금지 조항의 취지를 유지하면서 그 적용 범위를 명확하게 하기 위한 것이라고 해석했습니다.

③ 법인세는 각 사업연도의 소득이 과세 대상이 되며, 사업을 구분 경리하면 각 사업별로 손익이 특정되어 사업별 소득 및 세액이 구분된다는 점을 강조했습니다.

④ 법원은 구 조세특례제한법 제127조 제10항에 따라 중복 지원이 금지되는지 여부를 판단하는 최종적인 기준은 동일한 소득 또는 세액에 대해 중복하여 감면과 공제가 이루어지는지 여부라고 보았습니다.

다. 이 사건 세액 감면과 세액 공제의 동시 적용 가능성

1) 법원의 판단:

법원은 이 사건 세액 감면과 세액 공제가 중복 적용될 수 없다고 판단했습니다.

① 세액 감면은 본사 지방 이전으로 인한 것이므로, 세액 감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분해야 한다고 보았습니다.

② 원고는 구분 경리된 이전 본사 감면분 과세표준을 감면 대상 소득으로 하여 세액 감면을 신청한 것이 아니라, 조세특례제한법 제63조의2 제2항에 따라 산정된 금액에 기초하여 세액 감면을 받았다고 지적했습니다.

③ 이 사건 세액 감면 대상 소득 중 이전 본사 외 사업장의 소득이 반영되었고, 여기에 다시 세액 공제를 적용하면 동일한 소득에 대해 중복하여 감면과 공제가 이루어지므로 중복 적용은 불가능하다고 판단했습니다.

2) 원고의 추가 주장 및 법원의 판단:

원고는 구분 경리 요건을 갖춘 이상 세액 감면과 세액 공제를 동시에 적용해야 한다고 주장했지만, 법원은 원고가 주장하는 구분 경리는 세액 감면 대상 소득을 산정하기 위한 것이 아니므로 의미가 없다고 보았습니다.

3) 원고의 추가 주장 및 법원의 판단:

원고는 법 제63조의2 제2항에 따라 감면 대상 소득을 산정하여 이전 본사의 소득을 합리적으로 구분했으므로 구분 경리 요건을 갖추었다고 주장했지만, 법원은 법 제63조의2 제2항에 따라 계산된 금액은 이전 본사 외 사업장의 소득과 중복될 수 있다고 판단하여 원고의 주장을 받아들이지 않았습니다.

4) 결론:

법원은 원고의 청구를 기각하고 항소를 기각했습니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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