법인 본사 지방 이전 세액 감면과 세액 공제의 중복 적용 가능 여부

본사지방이전 세액감면과 이 사건 각 세액공제(연구 및 인력개발을 위한 설비줕아에 대한 세액공제, 고용창출투자세액공제, 근로자 복지 증진을 위한 시설 투자에 대한 세액공제) 중복적용 가능 여부  [광주지방법원 2022. 2. 10. 2020구합15154]

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법인 본사 지방 이전 세액 감면과 세액 공제의 중복 적용 가능 여부

본 판례는 법인 본사 지방 이전 세액 감면과 이 사건 각 세액공제(연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제, 고용창출투자세액공제, 근로자 복지 증진을 위한 시설 투자에 대한 세액공제)의 중복 적용 가능 여부를 다루고 있습니다.

사건 개요

원고는 공공기관 지방 이전에 따라 본사를 지방으로 이전하고, 2016년 및 2017년 사업연도 법인세 신고 시 본사 지방 이전 세액 감면을 적용했습니다. 그러나 본사를 이전하지 않은 사업장에 대한 세액공제는 적용하지 않았습니다. 이후 세무서장은 원고가 적용한 세액 감면의 이전 본사 근무 인원 산정이 잘못되었다는 이유로 세액 감면을 재계산하여 증액 경정 처분을 했습니다. 원고는 이에 불복하여 세액공제의 적용을 주장하며 경정청구를 했지만, 세무서장은 이를 기각했습니다. 이에 원고는 소송을 제기했습니다.

쟁점

이 사건의 핵심 쟁점은

본사 지방 이전 세액 감면과 이 사건 각 세액공제의 중복 적용이 가능한지 여부

입니다. 원고는 구 조세특례제한법 제127조 제10항에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하는 경우 중복 적용이 가능하다고 주장했습니다.

법원의 판단

법원은 다음과 같은 이유로 원고의 청구를 기각하고, 세무서장의 처분이 적법하다고 판단했습니다.

1. 관련 법리

조세법률주의에 따라 조세법규의 해석은 법문대로 해석해야 하며, 합리적 이유 없이 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않습니다.

2. 구체적 판단

• 조세 지원의 중복 적용은 구 조세특례제한법 법령의 요건을 충족하는 경우에만 가능합니다.
• 구 조세특례제한법 제143조의 구분경리는 세액감면을 받는 사업 등의 소득을 구분하는 것으로, 세액감면 등이 적용되는 소득을 파악하는 데 그 취지가 있습니다.
• 본사 지방 이전 세액 감면은 원고의 전체 과세표준에서 특정 소득을 제외한 금액에 이전 비율을 적용하여 산정되었고, 본사의 소득을 기준으로 산정되지 않았습니다.
• 원고가 공공기관 구분 회계 운영 지침에 따라 재무제표를 공시했지만, 세액 감면에 관하여 소득 구분 계산서를 제출하지 않았습니다.
• 본사 지방 이전 세액 감면과 이 사건 각 세액공제를 중복 적용하기 위한 요건을 충족했다고 보기 어렵습니다.
• 본사 지방 이전 세액 감면은 본사 이전의 조세 지원으로, 본사 소득의 비중이 크지 않을 수 있으며, 중복 적용이 부당하다고 보기 어렵습니다.

결론

법원은 원고의 청구를 기각하고, 본사 지방 이전 세액 감면과 이 사건 각 세액공제의 중복 적용이 불가능하다고 판단했습니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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