부가가치세 과세대상인 지출을 기준으로 매출액비율에 따라 안분금액을 산출하고, 이를 초과하는 매입에 대해서는 매입세액이 공제될 수 없음  [수원지방법원 2016. 2. 18. 2015구합60991]

부가세 매입세액 공제 관련 판례

본 판례는 부가가치세 매입세액 공제와 관련된 중요한 내용을 다루고 있습니다. 특히 공동 연구개발 비용의 안분 계산 및 매입세액 공제 가능 여부에 대한 기준을 제시합니다.

사건 개요

원고는 차량 및 부품 제조·판매업을 영위하는 회사이며, 피고는 세무서장입니다. 원고는 공동 연구개발 약정에 따라 발생한 연구비에 대해 부가가치세 매입세액을 공제 신고했습니다. 그러나 피고는 원고의 분담비율을 초과하는 연구비에 대해서는 매입세액 불공제 처분을 하였습니다. 이에 원고는 부가가치세 부과 처분 취소 소송을 제기했습니다.

쟁점 및 판결 내용

1. 쟁점

본 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다.

• 공동 연구개발 비용 중 매입세액 공제 대상의 범위
• 구 법인세법 시행령 제48조의 ‘공동경비’의 의미
• 부가가치세와 법인세의 본질적 차이

2. 판결 요지

이 사건 연구비 중 부가가치세 과세대상 지출을 기준으로 원고의 매출액 비율에 따라 안분금액을 산출하고, 이를 초과하는 매입에 대해서는 매입세액이 공제될 수 없다는 것이 판결의 핵심입니다. 따라서, 피고의 부과 처분은 적법하며, 원고의 주장은 법인세와 부가가치세의 본질적 차이를 간과한 것이라고 판단했습니다.

3. 상세 내용

판결의 상세 내용은 다음과 같습니다.

가. 공동사업에서의 사업관련성

부가가치세법 제17조 제1항 및 제2항에 따라, 사업 관련성이 있는 매입세액만 공제 가능합니다. 공동사업의 경우, 사업 관련성은 매출액 비율로 의제됩니다. 즉, 매출액 비율 내의 지출에 대해서만 매입세액 공제가 가능하다는 의미입니다.

나. ‘공동경비’의 의미

구 법인세법 시행령 제48조를 부가가치세에 준용할 때, ‘공동경비’는 부가가치세 과세 대상 지출에 한정됩니다. 법인세와 달리, 부가가치세는 과세 대상이 되는 거래에 대해서만 매입세액 공제가 가능하기 때문입니다.

다. 결론

원고의 매출액 비율을 초과하는 부가가치세 과세 대상 연구비에 대한 매입세액은 공제될 수 없으므로, 피고의 처분은 적법합니다.

결론 및 시사점

본 판례는 부가가치세 매입세액 공제에 있어, 과세 대상 지출을 기준으로 매출액 비율에 따라 안분 계산해야 함을 명확히 했습니다. 또한, 법인세와 부가가치세의 본질적 차이를 고려하여, 관련 법령의 해석 및 적용에 유의해야 함을 강조합니다.

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