분할존속법인의 증가분 방식 연구인력개발비세액공제 계산 시, 직전 4년간 연구개발비를 월할 계산하여야 하는지 여부 [대전지방법원 2019. 12. 19. 2019구합100270]
법인 분할존속법인의 증가분 방식 연구인력개발비세액공제 계산 시, 직전 4년간 연구개발비를 월할 계산하여야 하는지 여부
사건 개요
원고는 법인 분할 후 존속하는 법인으로, 2012년 귀속 사업연도 법인세 신고 시 연구·인력개발비 세액공제에 대해 증가분 방식을 적용하여 경정 청구를 하였으나, 피고(세무서장)는 이를 거부하였다. 이에 원고는 경정거부처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였다.
쟁점
법인 분할존속법인의 증가분 방식 연구인력개발비세액공제 계산 시, 직전 4년간 연구개발비를 월할 계산하여야 하는지 여부
관련 법령
- 조세특례제한법 제10조 (연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)
- 조세특례제한법 시행령 제9조 (연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)
- 국세기본법 제45조의2 (경정 등의 청구)
- 국세기본법 제56조 (심판청구)
- 국세기본법 제69조 (심사청구)
법원의 판단
법원은 조세특례제한법 시행령 제9조 제5항 단서의 입법 및 개정 취지를 고려할 때 분할신설법인에게 적용되는 것이므로, 원고의 직전 4년간 연구개발비는 당해 연도 연구개발비와 대응되도록 분할일을 기준으로 월할 계산하여 산정함이 타당하다고 판단하였다.
판결 이유
법원은 다음과 같은 이유로 원고의 주장을 배척하였다.
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원고의 산정 방식은 직전 4년간 일반연구·인력개발비 연평균 발생액에서는 분할신설법인이 영위하게 되는 분할 전 원고 회사의 화장품·의약품 사업 부문에서 발생한 일반연구·인력개발비를 제외하는 반면, 당해 과세연도인 2012년도 일반연구·인력개발비에서는 분할 전 원고 회사의 위 화장품·의약품 사업 부문에서 발생한 일반연구·인력개발비를 포함시켜 계산함을 전제로 하고 있다. 이는 아무런 근거 없이 실질이 동일한 일반연구·인력개발비를 달리 취급하는 것이어서 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아 그 세액공제액을 산정할 수 있는 방법으로 보기 어렵다.
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원고 회사의 산정방식은 앞서 본 조세특례제한법 시행령 제9조 제5항 단서를 분할신설법인에 대한 규정에서 나아가 분할법인에 대한 규정이라고까지 봄을 전제로도 한 것이나, 이는 법령 조항의 문언, 내용 및 그 입법·개정 취지를 고려할 때 받아들일 수 없다.
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원고 회사는 자신의 주장에 부합하는 듯한 참고자료로 대전고등법원 2016. 9. 1. 선고 2016누11146 판결을 들고 있는바, 위 판결은 사업 전부를 승계한 합병법인 등에 관한 경우에 대한 것이어서 사업 일부를 승계한 피합병법인 등에 관한 이 사건과는 사실관계가 달라 이 사건에 그대로 적용하기 어렵다.
결론
법원은 원고의 청구를 기각하고, 소송비용은 원고가 부담한다고 판결하였다.
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출처 : 법제처 국가법령정보센터
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