비과세 사업을 겸업하는 사업자의 공통매입세액을 수입금액비율로 안분계산한 처분이 적법한지 여부  [대구고등법원 2016. 6. 10. 2015누7426]

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부가세 경정처분 취소 소송: 공통매입세액 안분 계산의 적법성

본 판례는 부가가치세 과세 사업과 비과세 사업을 함께 영위하는 사업자의 공통매입세액 안분 계산의 적법성을 다룹니다. 특히, 국고보조금 수입을 비과세 공급가액으로 볼 수 있는지 여부가 쟁점이 되었습니다.

1. 사건 개요

1.1. 원고의 사업

원고는 섬유 산업 진흥을 목적으로 설립된 비영리법인으로, 고유 목적 사업과 함께 수익 사업을 영위했습니다. 수익 사업으로 DD 국제섬유박람회 사업(PID 사업)과 DD 섬유산업 국내판로 개척 사업(DMC 사업)을 시행했습니다.

1.2. 피고의 처분

피고는 원고의 부가가치세 신고에 대한 세무조사를 실시한 후, 이 사건 사업이 과세 사업과 비과세 사업에 공통으로 사용되는 매입세액(이하 ‘공통매입세액’)이 발생했음을 확인했습니다. 이에 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용하여 이 사건 보조금에 상당하는 부분을 공제하지 않도록 재계산하여 부가가치세를 경정·고지했습니다.

1.3. 소송의 경과

원고는 이에 불복하여 이의신청, 조세심판원 심판청구를 제기했지만 모두 기각되었습니다. 이후, 대구고등법원에 부가가치세 경정처분 취소 소송을 제기했습니다.

2. 쟁점: 공통매입세액 안분 계산의 적법성

2.1. 원고의 주장

원고는 이 사건 사업이 단일한 과세사업에 해당하며, 보조금은 과세표준에서 제외될 뿐이므로, 관련 매입세액은 모두 공제되어야 한다고 주장했습니다. 또한, 피고가 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용한 것은 위법하며, 보조금 중 일부는 이 사건 사업과 관련이 없는 것이 포함되어 안분 계산이 부당하다고 주장했습니다.

2.2. 법원의 판단

법원은 다음과 같은 이유로 피고의 처분이 위법하다고 판단했습니다.

• 과세사업과 비과세사업의 겸영: 법원은 원고가 과세사업과 비과세사업을 겸영하고 있다고 판단했습니다. 원고의 설립 목적, 사업의 성격, 사업비 조달 방식 등을 고려할 때, 이 사건 사업은 과세사업과 비과세사업에 해당한다고 보았습니다.
• 공통매입세액 안분 계산 방법의 위법성: 법원은 국고보조금을 비과세사업의 공급가액으로 볼 수 없으므로, 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용하는 것은 부적절하다고 판단했습니다. 이러한 경우, 다른 합리적인 안분계산 방법을 적용해야 하는데, 피고가 적절한 방법을 제시하지 못했습니다.
• 정당한 세액 산출 불가능: 법원은 제출된 자료만으로는 이 사건 매입세액의 안분 계산에 적합한 합리적인 방법을 찾을 수 없어, 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출하는 것이 불가능하다고 판단했습니다.

3. 판결 결과

대구고등법원은 원고의 항소를 받아들여, 피고의 부가가치세 부과 처분을 모두 취소했습니다. 소송 총비용은 피고가 부담하도록 판결했습니다.

4. 판례의 의의

본 판례는 과세 사업과 비과세 사업을 함께 영위하는 사업자의 공통매입세액 안분 계산에 있어, 국고보조금의 성격을 정확히 판단하고, 관련 법령의 적절한 적용을 강조했습니다. 특히, 국고보조금을 비과세 공급가액으로 볼 수 없는 경우, 부가가치세법 시행령 제61조 제1항의 유추적용은 부적절하며, 다른 합리적인 안분 계산 방법을 적용해야 함을 명확히 했습니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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