산업집적지 경쟁력 강화사업비로 지원받은 금액은 세액공제 대상이 되는 일반연구·인력개발비에서 제외되어야 함  [서울행정법원 2015. 6. 18. 2014구합72606]

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조세특례제한법 위반에 따른 세액공제 부과 처분 취소 소송

본 판례는 조세특례제한법 위반으로 인한 세액공제 부과 처분 취소 소송에 대한 서울행정법원의 판결을 정리한 것입니다.

사건 개요

원고는 AAA라는 회사는 생산기술사업화 지원사업 협약을 체결하고, ‘산업집적지 경쟁력 강화사업비’를 지원받았습니다. 원고는 해당 지원금을 포함하여 일반연구·인력개발비를 지출하고 세액공제를 신청했으나, 피고(금천세무서장)는 해당 지원금이 조세특례제한법에 따른 연구개발출연금등에 해당하여 세액공제 대상에서 제외되어야 한다고 판단, 세액공제액을 감액하고 법인세를 부과했습니다. 원고는 이에 불복하여 소송을 제기했습니다.

주요 쟁점

본 사건의 주요 쟁점은 다음 두 가지입니다.

  1. 조세특례제한법 제10조의2에 따른 ‘연구개발출연금등’의 의미와 세액공제 적용 여부
  2. 산업집적지 경쟁력 강화사업비의 지원 근거 법률과 조세특례제한법 적용의 관계

1. 연구개발출연금등의 범위

원고는 이 사건 지원금을 익금에 산입했으므로 세액공제 대상이 된다고 주장했지만, 법원은

조세특례제한법 제10조의2 제1항에 따라 연구개발출연금등을 지원받은 경우

에는 해당 사업연도의 익금 산입 여부와 관계없이 세액공제 대상에서 제외된다고 판단했습니다.

2. 지원금의 성격

원고는 이 사건 지원금이 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(산집법)에 근거하여 수령한 지원금이며, 조세특례제한법 제10조의2 제1항 및 조세특례제한법 시행령 제9조의2 제1항에서 정하는 산업기술혁신 촉진법(촉진법)에 따른 지원금이 아니라고 주장했습니다. 그러나 법원은

산업집적지 경쟁력 강화사업의 추진 근거가 되는 법령 중 하나가 촉진법

이므로, 해당 지원금은 조세특례제한법 제10조의2 제1항에 따른 ‘연구개발출연금등’에 해당한다고 판단했습니다.

법원의 판단

법원은 원고의 청구를 기각하고 소송비용을 원고가 부담하도록 판결했습니다.

  • 조세특례제한법 제10조의2 제1항에 따른 연구개발출연금등을 연구개발비로 지출한 금액은 세액공제 대상이 될 수 없다는 점을 확인했습니다.
  • 산업집적지 경쟁력 강화사업의 추진 근거가 되는 법령에 촉진법이 포함되므로, 이 사건 지원금은 ‘연구개발출연금등’에 해당한다는 점을 명시했습니다.

결론

본 판례는 조세특례제한법상 연구개발출연금등의 범위와 세액공제 적용에 대한 중요한 기준을 제시하고 있습니다. 특히,

산업집적지 경쟁력 강화사업비의 성격과 관련 법령의 관계

를 명확히 하여, 관련 사업에 대한 세법 적용의 명확성을 확보했습니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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