산업집적지 경쟁력 강화사업비로 지원받은 금액은 세액공제 대상이 되는 일반연구·인력개발비에서 제외되어야 함  [서울행정법원 2015. 6. 18. 2014구합72606]

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조세특례제한법상 연구개발비 세액공제 제외 대상: 산업집적지 경쟁력 강화사업비

본 판례는 조세특례제한법(이하 조특법)에 따라 산업집적지 경쟁력 강화사업비를 지원받은 금액이 일반연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외되는지 여부를 다루고 있습니다. 서울행정법원 2014구합72606 판결을 중심으로, 관련 법령 및 쟁점을 상세히 분석합니다.

1. 사건 개요

주식회사 AAA는 AAA-motor 제조·도매업을 영위하는 법인으로, 2011년 BBB공단과 생산기술사업화 지원사업 협약을 체결하고 ‘산업집적지 경쟁력 강화사업비’로 국비를 지원받았습니다. 2012 사업연도에 일반연구 및 인력개발비를 지출하고 세액공제를 신청했으나, 과세관청은 지원받은 금액을 조특법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등으로 보아 세액공제 대상에서 제외하고 법인세를 부과했습니다. 이에 AAA는 과세 처분에 불복하여 소송을 제기했습니다.

2. 쟁점 및 원고의 주장

2.1. 제1주장: 익금 산입 여부와 세액공제

원고는 조특법 시행령 제9조 제8항에 따라 세액공제에서 제외되는 조특법 제10조의2 소정의 ‘연구개발출연금등’은 해당 사업연도에 익금으로 산입하지 않은 것만을 의미한다고 주장했습니다. 원고는 이 사건 지원금을 2012년 익금에 산입했으므로 세액공제 대상이 되어야 한다고 주장했습니다.

2.2. 제2주장: 지원금의 법적 성격

원고는 이 사건 지원금이 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(산집법)에 근거하여 수령한 지원금이며, 조특법 제10조의2 제1항 및 조특법 시행령 제9조의2 제1항에서 정하고 있는 산업기술혁신 촉진법(촉진법)에 따른 지원금이 아니라고 주장했습니다. 따라서 조특법 시행령 제9조 제8항이 적용될 수 없다고 주장했습니다.

3. 법원의 판단

3.1. 제1주장에 대한 판단

법원은 조특법 제10조 제1항 및 조특법 시행령 제9조 제8항에 따라 법인이 연구개발출연금등을 지원받은 경우, 세액공제 대상에서 제외된다고 판단했습니다.

즉, 익금 산입 여부와 세액공제 대상 여부는 관련이 없다는 점을 명확히 했습니다.

원고의 주장은 이러한 법리에 어긋나므로 받아들여지지 않았습니다.

3.2. 제2주장에 대한 판단

법원은 이 사건 지원금이 조특법 제10조의2 제1항에 따른 ‘연구개발출연금등’에 해당하는지 여부를 판단했습니다. 법원은 ‘산업집적지 경쟁력 강화사업비’ 명목으로 지급된 이 사건 지원금의 경우, 촉진법이 산업집적지 경쟁력 강화사업의 추진근거가 되는 법령이므로 ‘연구개발출연금등’에 해당한다고 판시했습니다.

특히, 이 사건 운영요령 제3조 제5호가 촉진법에 의한 산업집적지 경쟁력 강화사업을 포함하고 있다는 점을 근거로 들었습니다.

원고의 주장은 받아들여지지 않았습니다.

4. 결론

법원은 원고의 청구를 기각하고, 소송비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다.

본 판례는 산업집적지 경쟁력 강화사업비를 지원받은 경우, 해당 금액이 세액공제 대상에서 제외됨을 명확히 한 중요한 판례입니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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