서비스활동의 위탁연구개발비는 세액공제의 적용대상이 아님  [대법원 2025. 1. 9. 2021두56299]

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법인 서비스활동 위탁 연구개발비, 세액공제 대상 아님

대법원은 법인 서비스활동의 위탁 연구개발비가 조세특례제한법상 세액공제 대상이 아니라고 판결했습니다. 이 판례는 2021년 두 번째로 중요한 사건으로, 2025년 1월 9일에 판결이 확정되었습니다.

사건 개요

원고인 주식회사 AA금융지주회사는 AA카드 주식회사를 연결자법인으로 하는 연결납세방식을 적용하여 법인세를 신고해 왔습니다. AA카드는 2011년부터 2012년까지 차세대 전산시스템 개발을 위탁했는데, 원고는 이 개발비용을 연구·인력개발비 세액공제 대상으로 보고 경정청구를 했습니다. 하지만 피고인 BB세무서장은 이를 거부했습니다.

관련 법령

이 사건과 관련된 주요 법령은 다음과 같습니다.

• 조세특례제한법 제9조: 연구·인력개발비의 정의 및 세액공제 규정
• 조세특례제한법 제10조: 연구·인력개발비 세액공제
• 조세특례제한법 시행령 제8조: 연구·인력개발비의 범위

구체적으로, 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호는 “새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 연구·인력개발비에 해당한다”고 규정하고 있습니다.

판결 내용 상세 분석

1. 쟁점

이 사건의 핵심 쟁점은 AA카드의 전산시스템 위탁개발이 조세특례제한법 제9조 제5항에서 정한

과학기술활동

에 해당하는지 여부였습니다. 즉, 위탁개발이

세액공제 대상

이 되는 연구개발 활동으로 볼 수 있는지 여부가 쟁점이었습니다.

2. 원심의 판단

원심은 위탁연구개발의 경우

위탁자

의 사업에 관한 기존 지식 또는 기술 수준이 해당 연구개발을 통해 진보했는지를 기준으로 판단해야 한다고 보았습니다. 또한, 기존 절차, 시스템, 서비스의 주요 개선이 이루어진 경우에도 기술적 진전을 위한 활동으로 보아 연구개발에 해당한다고 판단했습니다.

3. 대법원의 판단

대법원은 원심의 판단이 잘못되었다고 보았습니다. 대법원은 다음과 같은 근거로 판결했습니다.

• 위탁연구개발

  의 경우, 과학기술 분야의 연구개발 용역 등을 전담부서 등 위탁적격기관에 위탁한 경우에만

  세액공제

  를 적용받을 수 있습니다.

• “과학기술활동”

  는

  과학적 또는 기술적 불확실성

  을 체계적으로 해소하여 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동을 의미합니다.

• AA카드의 전산시스템 위탁개발은 기존 업무 효율성 증대를 위한 것으로,

  과학기술적 불확실성 해소

  와는 거리가 멀다고 보았습니다.

4. 결론

대법원은 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 서울고등법원에 환송했습니다. 즉, AA카드의 전산시스템 위탁개발은

세액공제 대상이 아닌 서비스활동

에 해당한다고 최종적으로 판단했습니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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