부가세 관련 판례: 수정세금계산서 미발급과 매입세액 불공제의 위법성

수정세금계산서가 발급되지 않아 폐업자 거래분에 대한 매입세액 불공제는 위법함.  [부산고등법원(창원) 2016. 11. 30. 2016누10032]

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부가세 관련 판례: 수정세금계산서 미발급과 매입세액 불공제의 위법성

본 판례는 부가가치세 관련 매입세액 불공제 처분의 위법성을 다루고 있습니다. 특히, 수정세금계산서가 발급되지 않은 폐업자 거래분에 대한 매입세액 불공제 처분의 적법성을 중심으로 판시합니다.

사건 개요

본 사건은 AAAAAAA 주식회사가 부가가치세 경정청구를 했으나, 세무서장이 이를 거부한 데서 비롯되었습니다. 원고는 용역 공급에 영세율을 잘못 적용하여 부가가치세를 과다 납부한 사실을 인지하고, 매입세액 공제를 통해 환급받고자 경정청구를 제기했습니다. 그러나 세무서장은 경정청구 기간 도과 등을 이유로 이를 거부했고, 이에 원고가 소송을 제기했습니다.

쟁점

주요 쟁점은 다음과 같습니다.

• 법령 해석 착오로 인한 부가가치세 과다 납부가 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부
• 수정세금계산서 미발급 시 폐업자 거래분의 매입세액 공제 가능 여부

판결 요지

재판부는 다음과 같이 판결했습니다.

• 법령 해석 착오로 인한 부가가치세 과다 납부는 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않음
• 수정세금계산서가 발급되지 않은 폐업자 거래분에 대한 매입세액 불공제는 위법함

판결 상세 내용

1. 후발적 경정청구 사유 해당 여부

재판부는 법령 해석 착오로 인한 부가가치세 과다 납부를 후발적 경정청구 사유로 볼 수 없다고 판단했습니다. 후발적 경정청구는 당초의 신고나 과세처분 당시에는 존재하지 않던 후발적 사유를 이유로 해야 하는데, 이 사건은 법령 해석의 착오로 인해 발생한 문제이므로 이에 해당하지 않는다고 보았습니다.

2. 수정세금계산서 미발급과 매입세액 공제

재판부는 부가가치세법 제39조 제1항 제2호의 ‘세금계산서를 발급받지 아니한 경우’에 ‘수정세금계산서를 발급받지 아니한 경우’까지 포함되는 것으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 또한, 폐업자 거래분의 경우 수정세금계산서를 발급받지 못했다 하더라도, 거래 사실이 확인된다면 매입세액 공제가 가능하다고 보았습니다.

결론

재판부는 수정세금계산서가 발급되지 않아 폐업자 거래분에 대한 매입세액 불공제 처분은 위법하다고 판결했습니다. 이는 세법 해석에 있어 실질적인 거래 내용과 증빙의 중요성을 강조한 판례로, 향후 유사한 사건에 영향을 미칠 것으로 예상됩니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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