양도 수정신고서 제출기한 및 국세 부과 제척기간 도과 관련 판례

수정신고서 제출기한과 국세 부과의 제척기간이 도과하여 손익에 반영한 것은 절차상 하자가 있음이 명백함  [인천지방법원 2017. 10. 26. 2016구합51256]

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양도 수정신고서 제출기한 및 국세 부과 제척기간 도과 관련 판례

본 판례는 양도 수정신고서 제출 기한과 국세 부과 제척기간 도과로 인한 손익 반영의 절차상 하자를 다루고 있습니다. 국승 인천지방법원 2016구합51256 사건으로, 2011년 귀속 법인세 관련 1심 판결입니다. 2017년 10월 26일에 판결이 완료되었습니다.

사건 개요

사실관계

원고는 1994년 설립된 회사로, 항공권 판매 등을 주업으로 하고 있습니다. 1995년 SSS주식회사로부터 철근콘크리트 중력댐을 양도받아 설치 공사를 진행했으나, 1996년 수해로 인해 발전소가 유실되었습니다. 원고는 1996년 재해손실로 2,874,739,998원을 계상하여 법인세를 신고했습니다. 1998년 발전소 복구 후에는 재해손실 환입 및 자산 계상을 하지 않았습니다. 2008년 댐 건설로 인해 발전소 부지가 수용되어, 2011년 손실보상금 14억 원을 익금산입하여 법인세를 신고했습니다.

경정청구 및 거부

원고는 2014년, 1998년부터 감가상각한 원가 1,600,053,084원을 2011년 손금에 산입하여 기납부세액 환급을 요구하는 경정청구를 했으나, 피고는 손금 이중공제 우려 등을 이유로 거부했습니다. 원고는 이에 불복하여 이의신청 및 조세심판원 심판청구를 제기했으나 모두 기각되었습니다.

수정신고

원고는 조세심판 청구 전인 2015년, 부외자산에 해당하는 발전소의 감가상각 후 잔존가액 1,135,629,073원을 익금산입하여 2009년 귀속 법인세에 대한 수정신고를 했습니다.

쟁점 및 법원의 판단

원고의 주장

원고는 주위적으로 2009년 수정신고를 통해 발전소 잔존가액을 자산으로 계상했으므로, 2011년 경정청구가 적법하다고 주장했습니다. 예비적으로는 수해복구비용을 기준으로 감가상각한 잔존가액 1,135,629,073원을 손금산입해야 한다고 주장했습니다.

법원의 판단

법원은 원고의 경정청구가 부적법하다고 판단했습니다. 주요 근거는 다음과 같습니다.

  • 수정신고의 하자: 1998년 발전소 복구 시점에 재해손실 환입 및 자산 계상을 했어야 함에도, 2009년에 임의로 수정신고한 것은 적법하지 않다고 보았습니다.
  • 제척기간 도과: 1998년 익금산입 후, 5년의 제척기간 내에 수정신고를 해야 했으나, 약 16년이 지난 후에 수정신고를 하여 제척기간을 도과했다고 판단했습니다.
  • 손금의 이중공제: 1996년 손금산입 후, 다시 감가상각 후 원가를 손금산입하는 것은 손금의 이중공제에 해당한다고 보았습니다.

결론

법원은 원고의 청구를 기각하고, 소송비용을 원고가 부담하도록 판결했습니다.

강조하는 부분 본 판례는 수정신고 및 경정청구의 적법성, 국세 부과의 제척기간, 손금 이중공제 등의 문제를 종합적으로 다루고 있으며, 세법 관련 절차 준수의 중요성을 강조하고 있습니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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