수지차 보전 목적의 정부출연금은 결산상 수지차 부족액에 따라 정부출연금이 사용된 것으로 봄이 합리적임  [인천지방법원 2024. 11. 22. 2017구합54467]

법인 수지차 보전 목적 정부출연금 관련 판례 정리

1. 사건 개요

• 사건명: 법인세등부과처분취소
• 원고: AAAAAA
• 피고: ○○○세무서장
• 사건번호: 인천지방법원 2017구합54467
• 판결일: 2024년 11월 2일 (선고)
• 귀속연도: 2012년
• 심급: 1심
• 진행상태: 진행중

2. 주요 쟁점

• 법인 수지차 보전 목적의 정부출연금의 귀속 시점 및 사용처 판단
• 부가가치세 면세 대상 여부
• 실질과세원칙 적용

3. 판결 요지

정부출연금은 수입과 무관하게 각 사업에서 발생하는 손실을 보전하기 위해 지급되는 금액으로, 결산상 수지차 부족액에 따라 정부출연금이 사용된 것으로 보는 것이 합리적이며, 일부 부가가치세 부과처분 취소

4. 사실관계

4.1. 원고의 지위 및 사업 내용

• 원고는 환경오염방지사업 등을 수행하는 비영리법인으로, 한국환경공단법에 따라 설립되어 BBBBBB과 CCCCCCCC의 모든 재산과 권리·의무를 포괄적으로 승계
• 주요 사업: 정부업무대행사업, 정부위탁사업, 환경시설설치지원사업, 환경시설수탁운영사업, 연구용역사업 등

4.2. 원고의 부가가치세 및 법인세 신고 내역

• 2004년부터 2009년까지 쟁점 사업분야(정부업무대행사업, 정부위탁사업, 환경시설설치지원사업, 연구용역사업) 관련 부가가치세 면세 신고
• 2004년부터 2010년까지 수익사업에 사용된 정부출연금 익금 불산입

4.3. 세무조사 및 과세 처분

• 1차 세무조사: 부가가치세 부과 및 법인세 부과 (2004년 2기 ~ 2010년)
  • 쟁점 사업분야 중 일부 부가가치세 과세
  • 이자소득 익금 산입 및 정부출연금 익금 산입
• 2차 세무조사: 부가가치세 및 법인세 추가 부과 (2010년 ~ 2012년)
  • 개별 사업별 사용 내역에 따른 정부출연금 익금 산입 및 손금 산입
  • 2015년 4월 2일, 3일 부가가치세 및 법인세 각 경정 고지

4.4. 관련 소송 경과

• 1심 판결 (종전 법인세 및 부가가치세 부과처분 관련): 원고 일부 승소
• 항소심 판결 (종전 법인세 및 부가가치세 부과처분 관련): 원고 일부 승소 (대법원 파기 환송)
• 대법원 판결 (종전 법인세 부과처분 관련): 원고 패소 (확정)
• 파기환송심 (부가가치세 부과처분 관련): 원고 일부 승소 (확정)
• 본 사건: 2차 세무조사에 따른 법인세 및 부가가치세 부과처분 취소 소송

5. 법원의 판단

5.1. 법인세 부과처분 관련

5.1.1. 쟁점

• 정부출연금 중 수익사업 사용분 산정 방법
• 이 사건 회계자료의 신뢰성

5.1.2. 법리

• 과세처분의 적법성 및 과세요건사실에 대한 증명 책임은 과세관청에 있음
• 정부출연금은 각 사업별로 실제 사용내역이 구분되는 경우 구분 경리하되, 공통으로 사용되는 경우 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분하거나, 실질적인 사용 기준에 따라 안분 계산 가능

5.1.3. 판단

• 이 사건 회계자료: 정부출연금의 실질적 집행내역을 의미한다고 보기 어려움
• 정부출연금 사용: 각 사업에서 발생하는 손실을 보전하기 위해 지급되는 것이므로, 결산상 수지차액을 기준으로 익금 계상하는 것이 합리적
• 결론: 이 사건 법인세 부과처분은 실질과세원칙 위반으로 위법, 전부 취소

5.2. 부가가치세 부과처분 관련

5.2.1. 쟁점

• 이 사건 각 사업의 부가가치세 면세 대상 여부 (실비 공급 여부)

5.2.2. 법리

• 공익 목적 단체가 고유의 사업목적을 위해 실비로 공급하는 재화 및 용역은 부가가치세 면세
• 실비는 용역의 공급에 필요한 비용을 초과하지 않는 경우를 의미하며, 공급 의도, 목적, 내용, 제반 사정 등을 종합적으로 고려하여 판단

5.2.3. 판단

• 제1 사업: 용역을 실비로 제공하는 경우에 해당하지 않으므로 부가가치세 과세 대상
• 제2 내지 4 사업: 각 사업연도별로 모두 손실이 발생하므로, 용역을 실비로 제공한 경우에 해당하여 부가가치세 면세 대상
• 결론: 제2 내지 4 사업 관련 부가가치세 부과처분 취소

6. 결론

• 원고의 청구 일부 인용 (법인세 부과처분 전부 취소, 부가가치세 부과처분 일부 취소)
• 원고의 나머지 청구 기각

7. 참고 사항

• 결산상 수지차액 방식에 따라 정부출연금 사용처를 판단
• 각 사업의 특성을 고려하여 부가가치세 면세 여부 판단

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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