부가 수탁사업의 과세표준 산정 적법 여부 및 등록 전 매입세액 해당 여부

수탁사업의 과세표준산정 적법 및 등록전 매입세액 해당 여부  [서울행정법원 2020. 10. 22. 2019구합71356]

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부가 수탁사업의 과세표준 산정 적법 여부 및 등록 전 매입세액 해당 여부

본 판례는 부가 수탁사업의 과세표준 산정의 적법성, 그리고 등록 전 매입세액 해당 여부를 다루고 있습니다. 서울행정법원 2019구합71356 판례를 바탕으로, 2013년 귀속분 부가가치세 관련 경정거부처분 취소 소송의 내용을 상세히 분석합니다.

1. 사건 개요

1.1. 사건 정보

• 사건번호: 서울행정법원 2019-구합-71356
• 귀속년도: 2013년
• 심급: 1심
• 생산일자: 2020.10.22.
• 진행상태: 진행중

본 사건은 D시가 전액 출자한 지방공사인 원고(A)가 피고(B세무서장)를 상대로 제기한 부가가치세 경정거부처분 취소 소송입니다. 원고는 D시로부터 위탁받아 수행한 집단에너지 공급사업 관련 부가가치세 과세표준 산정의 적법성 및 매입세액 공제 여부를 다투었습니다.

1.2. 관련 법령

이 사건과 관련된 주요 법령은 다음과 같습니다.

• 부가가치세법 제39조
• 부가가치세법 시행령 제48조
• 부가가치세법 시행령 제37조
• 부가가치세법 시행규칙 제11조의5
• 부가가치세법 제17조
• 법인세법 제111조
• 부가가치세법 시행령 제11조
• 소득세법 제168조
• 부가가치세법 제12조

2. 사실관계

2.1. 원고의 설립 및 사업 개요

원고는 D시의 출자로 설립된 지방공사로서, 집단에너지 공급사업을 D시로부터 위탁받아 수행했습니다. 2002년부터 집단에너지 공급사업 업무를 위탁받아 관리 업무를 수행했고, D시로부터 사업비를 수취했습니다. 원고는 이 사건 용역을 면세사업으로 보아 부가가치세를 신고하지 않았습니다.

2.2. 과세 및 경정청구

P지방국세청은 2013년 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시하여, 원고가 위탁수수료를 제외한 사업비를 부가가치세 과세표준에서 누락했다고 보았습니다. 이에 피고는 부가가치세를 부과했고, 원고는 이에 불복하여 경정청구를 제기했습니다. 피고는 원고의 경정청구를 거부했고, 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기했습니다.

3. 쟁점 분석

3.1. 과세표준 해당 여부

이 사건 사업비가 부가가치세 과세표준에 해당하는지가 핵심 쟁점이었습니다. 원고는 사업비가 D시의 지출을 대행한 것이므로 과세표준에 포함될 수 없다고 주장했습니다.

법원은 원고가 D시로부터 집단에너지 공급사업을 포괄적으로 위탁받았고, 사업비는 용역의 대가이므로 과세표준에 해당한다고 판단했습니다.

3.2. 부가가치세 면제 대상 여부

원고가 제공한 용역이 부가가치세 면제 대상에 해당하는지 여부도 쟁점이었습니다. 원고는 공익을 목적으로 하는 사업에 해당하며, 실비를 변상받았을 뿐이라고 주장했습니다.

법원은 원고가 수익사업을 영위하고, 용역이 원고 고유의 사업 목적을 위한 것이 아니며, 실비 또는 무상으로 공급되었다고 볼 수 없으므로 면제 대상이 아니라고 판단했습니다.

3.3. 매입세액 공제 여부

이 사건 용역 관련 매입세액이 사업자등록 전 매입세액에 해당하는지가 또 다른 쟁점이었습니다. 원고는 2002년 과세사업자로 등록했으므로, 그 이후 발생한 매입세액은 공제되어야 한다고 주장했습니다.

법원은 원고가 적법한 사업자등록을 한 이후의 매입세액에 해당하며, 2003년의 사업자등록 정정은 사업자등록 전 매입세액으로 볼 수 없다고 판단했습니다.

3.4. 신의성실의 원칙 위배 여부

피고의 처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지에 대한 주장도 있었습니다. 원고는 과거 부가가치세 환급 결정 및 면세사업자용 사업자등록증 교부를 근거로 신뢰보호의 원칙 위반을 주장했습니다.

법원은 과거 환급 결정이 공적인 견해 표명으로 보기 어렵고, 사업자등록증 교부만으로는 신뢰보호의 원칙이 적용되지 않으므로, 신의성실의 원칙 위배가 아니라고 판단했습니다.

4. 판결 결과

법원은 원고의 청구를 인용하여, 피고의 경정거부처분을 취소했습니다. 이 사건 용역 관련 매입세액은 공제되어야 하며, 관련 자료만으로는 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 처분 전부를 취소하는 것이 타당하다고 판결했습니다.

5. 판결의 의미

본 판결은 부가가치세 과세표준의 범위, 면세 대상 판단 기준, 매입세액 공제 요건, 신의성실의 원칙 적용 요건 등 부가가치세 관련 주요 쟁점에 대한 법원의 판단을 제시합니다. 특히, 지방공기업과 관련된 위탁사업의 부가가치세 과세 문제를 다루고 있어, 유사한 사업을 영위하는 기업들에게 시사하는 바가 큽니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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