양도세를 신고납부한 이후 법인으로 보는 단체로 승인받은 경우 종중에게 양도세 및 법인세 납세의무가 있는지 여부  [대구지방법원 2016. 6. 3. 2016구합20182]

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법인 양도세 신고납부 후 법인으로 보는 단체 승인 시 종중의 양도세 및 법인세 납세의무

본 판례는 법인세 관련 중요한 쟁점을 다루고 있습니다. 특히, 법인 양도세를 신고하고 납부한 후, 해당 단체가 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받은 경우, 종중(宗中)에게 양도세 및 법인세 납세의무가 있는지 여부를 중점적으로 다룹니다.

1. 사건 개요

원고는 종중이며, 2013년 귀속분 양도소득세 및 법인세 관련 소송을 제기했습니다. 대구지방법원에서 2016년 6월 3일에 판결이 내려졌으며, 2015년 5월 20일 피고(세무서장)가 원고에게 한 법인세 경정거부처분이 취소되었습니다.

2. 사건의 배경

원고는 이 사건 부동산을 취득하여 보유하다가, 2014년 AA건설 주식회사에 매도하는 계약을 체결하고 소유권이전등기를 마쳤습니다.

• 2014년 8월 21일: 양도소득세 예정신고 및 납부
• 2014년 12월 24일: ‘법인으로 보는 단체’ 승인
• 2015년 3월 17일: 경정청구 (양도소득세 환급)
• 2015년 5월 20일: 피고의 경정청구 기각
• 2015년 8월 4일: 국세청 심사청구 (기각)

3. 쟁점

본 사건의 핵심 쟁점은 종중이 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받기 전에 발생한 부동산 양도에 대한 세금 부과 여부입니다.

• 법인세법 시행령 제3조 제2항 (최초사업연도 개시일 전 손익의 귀속)
• 국세기본법 제13조 제2항 (법인으로 보는 단체의 요건)
• 비영리법인의 고정자산 처분 시 과세 여부 (법인세법 제3조 제3항 제5호, 시행령 제2조 제2항)

4. 원고의 주장

원고는 다음과 같이 주장했습니다.

1. 최초사업연도 개시일 전 손익인 부동산 양도이익을 사실상 법인에게 귀속시켰고, 조세포탈 우려가 없으므로 양도소득세 및 법인세 납세의무가 없다.
2. 예비적으로, 만약 소득세법 적용 대상이라면 종중원별로 납세의무가 있어야 한다.

5. 법원의 판단

5.1. 이 사건 쟁점조항 적용 여부

법원은 다음의 사실들을 근거로 이 사건 부동산 양도대금이 원고에게 사실상 귀속되었다고 판단했습니다.

• 1994년 이래 종중의 실체 유지
• 양도대금의 종중 예금 계좌 귀속
• 증여세 납부 (양도대금 분배에 따른)
• 종중 명의 예금계좌 잔액 존재

또한, 조세포탈의 우려가 없고, 최초사업연도 손익에 산입할 수 있다고 판단했습니다.

5.2. 법인세 부과 여부

법원은 해당 부동산이 종중의 선산으로 사용되어 왔음을 인정하여, 법인세법상 과세소득에서 제외된다고 판단했습니다.

5.3. 경정청구의 적법성

법원은 원고의 경정청구가 부적법하지 않다고 판단했습니다.

• 세법에 따른 정당한 세액 초과
• 양도소득세와 법인세의 관계
• 경정청구의 실질적인 내용

6. 결론

법원은 이 사건 부동산의 양도로 인한 손익이 원고의 최초사업연도 손익에 산입되어 법인세법상 과세제외소득이므로, 원고는 양도소득세 및 법인세 납세의무가 없다고 판결했습니다.

7. 판결의 의미

본 판례는 법인 양도세와 관련하여, 특히 ‘법인으로 보는 단체’의 승인 시점 및 세금 부과에 대한 중요한 기준을 제시합니다. 종중 재산의 관리 및 세금 문제에 대한 명확한 지침을 제공하며, 관련 분쟁 발생 시 중요한 참고 자료가 될 수 있습니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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