연구개발비 세액공제 제도는 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 함 [수원지방법원 2020. 5. 21. 2019구합64687]
수원지방법원 2019구합64687 판결: 법인 연구개발비 세액공제 적용 범위에 대한 고찰
사건 개요
본 판결은 주식회사 ○○○○○(이하 ‘원고’)가 ○○세무서장(이하 ‘피고’)을 상대로 제기한 경정청구 거부처분 취소 소송입니다. 원고는 2014 사업연도 법인세 신고 시 연구개발비 세액공제를 ‘당기 발생액 방식’으로 적용했으나, 이후 ‘증가 발생액 방식’으로 변경하여 경정청구를 했습니다. 이에 대해 피고는 분할존속법인인 원고의 연구개발비 계산 방식에 이견을 제시하며 경정청구를 거부했고, 이에 원고가 불복하여 소송을 제기했습니다.
쟁점
본 사건의 핵심 쟁점은 원고가 2014년 과세연도 직전 2년간의 연구개발비 연평균 발생액을 산정하는 방식입니다. 원고는 분할 전 원고의 연구개발비 합계액에서 분할신설법인의 연구개발비 합계액을 차감하는 방식을 주장한 반면, 피고는 분할 전 원고와 분할신설법인의 연구개발비를 각각 월할 계산하여 합산하는 방식을 주장했습니다.
법원의 판단
수원지방법원은 조세특례제한법상 연구개발비 세액공제 제도의 취지, 관련 법령의 문언과 체계 등을 종합적으로 고려하여 피고의 계산 방식이 타당하다고 판단했습니다. 법원은 특히 다음의 이유를 강조했습니다.
세액공제 대상의 범위
연구개발비 세액공제 제도는 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 대상으로 해야 합니다.
월할 산정의 필요성
조세특례제한법 시행령 제9조 제5항은 과세연도가 12개월에 미달하는 경우 연평균 발생액을 월할 산정하도록 규정하고 있습니다. 이는 연평균 발생액을 당기 발생액의 개월 수로 환산하여 비교하기 위한 것입니다.
분할신설법인에 대한 규정의 한계
조세특례제한법 제9조 제6항은 분할신설법인의 연구개발비 계산 방법만을 규정하고 있을 뿐, 분할법인의 계산 방식에 대해서는 명시적으로 규정하고 있지 않습니다. 따라서 분할법인인 원고의 연구개발비 산정은 세액공제 제도의 취지에 부합하는 방식으로 이루어져야 합니다.
분할 전후의 실체 변화 고려
원고는 과세연도 중간에 분할되었으므로, 분할 전 원고의 연구개발비에는 분할 이후 분할신설법인에게 승계된 사업 부문에 대한 비용이 포함되어 있습니다. 따라서 원고의 주장은 타당하지 않으며, 피고의 방식대로 월할 계산하는 것이 합리적입니다.
판결의 의미
본 판결은 법인 분할 시 연구개발비 세액공제 적용에 있어, 해당 과세연도의 연구개발 활동과 직접적으로 관련된 비용만을 공제 대상으로 삼아야 함을 명확히 했습니다. 이는 조세특례제한법의 취지를 재확인하고, 세법 해석에 있어 실질적인 경제 활동과의 연관성을 중요하게 고려해야 함을 시사합니다.
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출처 : 법제처 국가법령정보센터
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