법인 연구개발비 세액공제 관련 판례

연구개발비 세액공제 제도는 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 함  [수원고등법원 2021. 3. 31. 2020누12052]

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법인 연구개발비 세액공제 관련 판례

본 문서는 법인 연구개발비 세액공제 관련 판례에 대한 정보를 제공합니다. 본 판례는 수원고등법원 2020누12052 사건으로, 2014년 귀속 법인세 관련 경정청구 거부처분 취소 소송입니다. 2021년 3월 31일에 판결이 완료되었습니다.

1. 사건 개요

원고는 주식회사 ○○○○○이며, 피고는 ○○세무서장입니다. 원고는 2014 사업연도부터 2017 사업연도까지의 법인세 경정청구 거부처분에 불복하여 소송을 제기했습니다. 1심에서는 패소하였고, 항소했으나 2심에서도 기각되었습니다.

2. 주요 쟁점

본 사건의 주요 쟁점은 조세특례제한법상 연구개발비 세액공제 제도의 해석 및 적용에 관한 것입니다. 특히, 기업분할 시 연구개발비 세액공제를 어떻게 계산할 것인지, 과세관청의 해석 변경이 소급 적용될 수 있는지 등이 다루어졌습니다.

2.1. 연구개발비 세액공제 제도

조세특례제한법은 기업의 연구개발을 장려하기 위해 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 제도를 두고 있습니다. 이는 기업이 연구개발 활동에 투입한 비용의 일정 부분을 법인세 또는 소득세에서 공제해 주는 제도입니다. 본 판례에서는 이 제도의 적용 범위를 명확히 하는 것이 중요했습니다.

2.2. 과세관청의 해석 변경

원고는 과세관청이 연구개발비 세액공제와 관련하여 해석을 변경하기 전에 기업분할 및 세액공제 신청을 하였습니다. 이에 원고는 과세관청이 과거의 해석에 따라 세액공제를 해야 한다고 주장했습니다. 이는 금반언의 원칙 및 비과세 해석의 원칙 위반이라고 주장했습니다.

3. 법원의 판단

법원은 원고의 주장을 기각하고, 1심 판결을 유지했습니다.

3.1. 신의성실의 원칙 적용 요건

법원은 과세관청의 행위에 신의성실의 원칙이 적용되기 위한 요건으로 다음 사항을 제시했습니다.

• 과세관청의 공적인 견해표명
• 납세자의 신뢰 및 귀책사유 부존재
• 납세자의 행위
• 이익 침해

3.2. 비과세 관행의 성립 요건

비과세 관행이 성립하기 위해서는 상당 기간 과세하지 않은 객관적 사실이 존재해야 하며, 과세관청이 과세할 수 있음을 알면서도 특별한 사정으로 과세하지 않는다는 의사가 있어야 합니다. 법원은 이러한 요건이 충족되지 않았다고 판단했습니다.

3.3. 법원 판단의 근거

법원은 다음의 근거를 들어 원고의 주장을 배척했습니다.

• 원고가 제시한 질의회신 등은 구체적인 계산 방식을 제시했을 뿐, 월할 계산 방식 적용 여부에 대해 명확히 밝히지 않았습니다.
• 과세관청이 합병 사례에서 엄격하게 세액공제를 적용한 것은 분할 사례에도 동일하게 적용되어야 한다는 것을 의미하지 않습니다.
• 원고가 주장하는 비과세 해석이 성립할 정도로 과세관청이 상당 기간 과세하지 않은 사실을 인정하기 어렵습니다.

4. 결론

법원은 원고의 항소를 기각하고, 1심 판결을 유지했습니다. 이는 연구개발비 세액공제 제도 적용에 있어 관련 법령 및 과세관청의 해석을 정확히 이해하는 것이 중요하다는 점을 시사합니다. 특히, 기업분할과 관련된 세액공제는 더욱 신중하게 접근해야 함을 보여줍니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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