원고가 구 조특법 시행령 제2조에서 규정한 중소기업에 해당하는지 여부  [전주지방법원 2015. 6. 24. 2013구합1635]

법인 원고의 중소기업 해당 여부 (구 조특법 시행령 제2조)

1. 사건 개요

본 판례는 법인 원고가 구 조세특례제한법 시행령 제2조에서 규정한 중소기업에 해당하는지 여부를 다룬 사건입니다. 원고는 중소기업 특별세액 감면 및 연구·인력개발비 세액공제를 신청했으나, 피고(세무서장)는 원고가 중소기업에 해당하지 않는다고 판단하여 세액 감면 및 공제 규정 적용을 배제하고 법인세를 부과했습니다.

• 사건번호: 전주지방법원 2013구합1635
• 귀속년도: 2009년
• 선고일자: 2015.06.24.

2. 쟁점 및 원고의 주장

원고는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에 따라 중소기업에 해당하며, 중소기업기본법 시행령 개정에 따른 유예기간을 적용받아야 한다고 주장했습니다.

• 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항

  에 따른 유예기간 적용: 중소기업기본법 시행령 별표 개정으로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우, 그 사유가 발생한 사업연도와 그 다음 3개 사업연도까지 중소기업 관련 조세특례 적용.

• 중소기업기본법 시행령 개정

  에 따른 유예기간 적용: 중소기업기본법 시행령 부칙 제2조 제2항에 따라, 개정으로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 시행일로부터 3년간 중소기업으로 간주.

3. 법원의 판단

법원은 원고의 주장을 받아들여 피고의 부과처분을 취소했습니다.

3.1. 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에 따른 유예기간 적용

• 원고는

  구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항

  에 따라 2009년 사업연도까지 중소기업으로 유예되어야 함을 확인했습니다.

• 피고의 주장

  는 기각되었습니다.

  • 피고는 소유와 경영의 실질적인 독립성 기준에 적합하지 않은 원고에게 유예기간이 적용되지 않는다고 주장했지만, 법원은

    구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항

    은 중소기업기본법 시행령 별표의 개정으로 인해 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 유예기간의 예외를 두지 않는다고 해석했습니다.

  • 피고는 중소기업기본법 시행령 별표가 2002년 개정으로 폐지되었으므로, 원고가 유예기간을 적용받을 수 없다고 주장했지만, 법원은

    구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항

    의 별표는 별표1, 별표2 모두를 포함한다고 해석했습니다.

3.2. 중소기업기본법 시행령에 따른 유예기간 적용

법원은 위에서 언급한 유예기간 적용 여부에 따라 더 나아가 판단할 필요 없이, 이 사건 처분이 위법하다고 결론 내렸습니다.

4. 결론

법원은 원고가 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에 따라 중소기업으로 유예되어야 함을 인정하고, 피고의 법인세 부과처분을 취소했습니다.

5. 관련 법령

• 조세특례제한법 제2조
• 조세특례제한법 시행령 제2조
• 구 중소기업기본법 시행령
• 개정 중소기업기본법 시행령

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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