부가 원고의 보건관리용역 부가가치세 면세 여부 판례

원고가 제공한 용역이 면세대상인지 여부  [수원지방법원 2017. 4. 18. 2016구합62154]

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부가 원고의 보건관리용역 부가가치세 면세 여부 판례

본 판례는 부가 원고가 제공한 보건관리용역이 부가가치세 면세 대상에 해당하는지를 다루고 있습니다. 국승 수원지방법원 2016구합62154 판결이며, 2009년 귀속분에 대한 1심 판결입니다.

사건 개요

원고는 작업환경측정 및 보건관리대행업 등을 영위하는 주식회사로, 산업안전보건법에 따른 보건관리대행기관으로 지정받아 사업장 소속 근로자들에게 건강상담, 보건관리교육 등의 보건관리용역(이하 ‘이 사건 용역’)을 제공했습니다. 원고는 이 사건 용역을 부가가치세 면세 대상이라고 판단하여 부가가치세 신고를 하지 않았습니다.

피고(세무서장)는 세무조사를 통해 이 사건 용역이 부가가치세 과세 대상에 해당한다고 판단, 부가가치세를 부과했습니다. 이에 원고는 부가가치세 부과 처분에 불복하여 소송을 제기했습니다.

쟁점

주요 쟁점은 다음과 같습니다.

• 이 사건 용역이 구 부가가치세법 및 관련 법령에 따라 부가가치세 면세 대상인 의료보건용역에 해당하는지 여부
• 부가가치세 면세에 대한 비과세관행이 성립되었는지 여부

법령 적용

본 판례는 다음과 같은 법령을 적용했습니다.

• 구 부가가치세법 제12조 제1항 제5호
• 구 부가가치세법 시행령 제29조 제1호
• 구 부가가치세법 시행령 제35조 제1호
• 국세기본법 제18조 제3항
• 산업안전보건법 제16조

원고의 주장

원고는 두 가지 주요 주장을 펼쳤습니다.

1. 의료보건용역 해당 주장:
   원고는 소속 의사 및 간호사를 통해 이 사건 용역을 제공했으므로, 구 부가가치세법 시행령 제35조 제1호에 따라 부가가치세 면세 대상이 되는 의료보건용역에 해당한다고 주장했습니다. 또한, 2016년 개정된 부가가치세법 시행령 제35조 제13호가 이 사건 용역의 면세 대상임을 재확인하고 있다고 주장했습니다.
2. 비과세관행 주장:
   원고는 이 사건 용역 제공 과정에서 부가가치세를 부과받은 적이 없고, 국세청의 예규에도 불구하고 피고가 6년이 지난 후에야 부가가치세를 부과했으므로, 부가가치세 면세에 대한 비과세관행이 묵시적으로 성립했다고 주장했습니다.

법원의 판단

법원은 원고의 청구를 기각했습니다. 각 주장에 대한 판단은 다음과 같습니다.

1. 의료보건용역 해당 여부:
   법원은 구 부가가치세법 및 시행령에 따라 부가가치세가 면제되는 의료보건용역은 의료법에 따른 의사 등이 의료기관을 개설하여 제공하는 용역을 의미한다고 판단했습니다. 원고는 의료기관을 개설한 자가 아니므로, 이 사건 용역은 부가가치세 면제 대상에 해당하지 않는다고 판단했습니다.
2. 비과세관행 성립 여부:
   법원은 비과세관행이 성립하기 위한 요건(일반적인 납세자의 신뢰, 과세관청의 과세 의지 등)을 충족하지 못한다고 판단했습니다. 원고가 제시한 증거만으로는 비과세관행을 인정하기 부족하며, 피고가 다른 사례에서 부가가치세를 부과한 점, 국세청의 유권해석 등을 고려할 때 비과세관행이 성립했다고 보기 어렵다고 판단했습니다.

결론

법원은 원고의 청구를 기각하고, 소송비용을 원고가 부담하도록 판결했습니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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