원고는 사업시행인가일(2005.5.31.이전) 이후에 종전아파트를 취득하였으므로, 신규아파트 보유기간 외에 종전아파트와 조합원입주권의 보유기간을 통산하여 장기보유특별공제를 받을 수 없음  [서울고등법원 2024. 11. 20. 2024누44541]

1세대 1주택 장기보유특별공제 관련 판례 분석

본 판례는 1세대 1주택 비과세 혜택을 받기 위한 장기보유특별공제 적용에 있어, 재건축 조합원의 기존 주택과 조합원입주권의 보유기간을 통산할 수 있는지 여부를 다루고 있습니다.

1. 사건 개요

• 사건번호: 서울고등법원 2024-누-44541
• 귀속년도: 2017
• 심급: 2심
• 선고일자: 2024. 11. 20. (진행 중)
• 관련 법령: 소득세법 시행령 제155조
• 주요 내용: 재건축 조합원이 사업시행인가일 이후에 종전 아파트를 취득한 경우, 신규 아파트 보유기간 외에 종전 아파트와 조합원입주권의 보유기간을 통산하여 장기보유특별공제를 받을 수 없다는 판결입니다.

2. 쟁점 및 판단

가. 쟁점:

1. 재건축 조합원이 기존 주택과 조합원입주권의 보유기간을 통산하여 장기보유특별공제를 받을 수 있는지 여부
2. 관련 법령 해석 및 적용의 적절성
3. 이 사건 부칙조항의 효력 및 적용 범위

나. 법리:

• 조세법률주의 원칙에 따라 세법 규정은 법문대로 해석해야 하며, 확장 또는 유추 해석은 허용되지 않습니다.
• 장기보유특별공제는 부동산의 장기 보유를 유도하고 물가상승분을 고려하여 양도소득세 부담을 완화하기 위한 제도입니다.
• 1세대 1주택의 경우, 장기 보유 시 더 높은 공제율이 적용됩니다.
• 구 소득세법 제95조 및 관련 시행령에 따라, 장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간은 원칙적으로 해당 자산을 계속 보유한 기간만을 통산합니다. 다만, 재건축 조합원의 경우 예외적으로 기존 주택과 조합원입주권 등의 보유기간을 통산할 수 있습니다.

다. 판단 내용:

1. 조합원입주권의 주택 의제 여부:

   • 조합원입주권이 주택으로 의제되어야 장기보유특별공제를 받을 수 있습니다.
   • 이 사건 조항은 조합원입주권을 주택으로 의제하는 기준을 제시하지만, 장기보유특별공제를 직접 규정하고 있지는 않습니다.
   • 과거 대법원 판례(2007. 6. 14. 선고 2006두16854 판결)는 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항에 따라 1세대 1주택으로 의제되는 조합원입주권의 경우 장기보유특별공제 대상이 될 수 있다고 판시했습니다.
   • 2013년 소득세법 개정을 통해 조합원입주권에 대한 장기보유특별공제 적용이 명시적으로 규정되었습니다.

2. 이 사건 조항 및 부칙의 내용:

   • 주택재건축사업 조합원이 ‘당해 조합을 통하여 입주자로 선정된 지위’를 양도하는 경우, 1세대 1주택 비과세 혜택 적용 대상자 기준은 2003. 6. 30.까지는 사업계획승인일, 2003. 7. 1.부터 2005. 5. 30.까지는 사업시행인가일, 2005. 5. 31.부터는 관리처분계획인가일에 각 기존 주택을 소유하는 자로 규정되어 있습니다.
   • 이러한 기준 시점의 차이는 도시정비법 시행 과정에서의 과도기적 상황과 관련하여 입법자가 정책적 판단을 한 결과입니다.

3. 조세법률주의에 부합하는 해석:

   • 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항에 따르면, 주택재건축사업의 경우 조합원입주권을 1세대 1주택으로 인정받기 위해서는 ‘사업시행인가일’ 이전에 기존주택을 소유해야 합니다.
   • 이 사건 부칙조항은 2005년 개정 시행령 시행 전에 사업시행인가를 받은 주택재건축사업 조합원에 대해 2005년 개정 전 시행령을 적용하도록 규정하고 있습니다.
   • 이러한 명시적인 경과조항에 따라, 이 사건 조항 및 부칙 법문을 그 문언에 반하여 확장하거나 유추 해석할 수 없습니다.

4. 이 사건 부칙조항의 효력:

   • 개정 법률이 전부 개정된 경우에는 종전 법률의 부칙 규정도 소멸하는 것이 원칙입니다. 그러나 개정 과정에서 종전 법률 부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 조치가 없다면, 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아닙니다.
   • 이 사건 부과처분의 근거가 되는 이 사건 부칙조항은 이후 개정 또는 삭제된 바 없으므로, 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항이 적용되는 법적 근거가 됩니다.
   • 만약 이 사건 부칙조항이 실효되었다고 해석하면, 법령 적용에 혼란이 발생할 수 있습니다.

3. 결론

원고는 사업시행인가일 이후에 종전 아파트를 취득했으므로, 신규 아파트 보유기간 외에 종전 아파트와 조합원입주권의 보유기간을 통산하여 장기보유특별공제를 받을 수 없습니다. 따라서, 원고의 청구는 기각되어야 합니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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