부가 원고와 외국법인의 협력계약에 따른 백신 제조판매 관련 공동사업

원고와 외국법인은 협력계약에 따라 백신의 제조판매를 위하여 공동사업을 영위함 [인천지방법원 2022. 10. 27. 2019구합55952]

본 판례는 부가 원고와 외국법인이 협력계약을 통해 백신의 제조 및 판매를 위한 공동사업을 영위한 사례에 대한 것으로, 부가가치세 부과처분 취소 소송에서 쟁점을 다룹니다.

원고는 백신 제조 및 판매업을 영위하는 회사로, 글로벌 제약회사인 DDD와 협력 계약을 체결하여 5가 백신(EEE)의 공동 개발 및 제조를 진행했습니다.

원고는 주식회사 CCC의 백신사업부를 인계받아 백신 제조 및 판매업 영위
2001년 4월 30일 DDD Vaccines G○○○ 및 DDD Vaccines S.○.○(이하 DDD)와 5대 소아질병 백신(EEE) 공동 개발 및 제조 협력 계약 체결 (이하 ‘이 사건 협력계약’)
원고는 EEE의 원재료인 4가 백신을 DDD로부터 수입, 1가 백신을 혼합하여 EEE 생산, 판매

국세청은 원고와 DDD의 거래를 공동사업으로 판단하고, 관련 부가가치세 및 가산세를 부과했습니다.

○○지방국세청장은 2013 사업연도에 대한 법인제세 통합조사 실시, EEE 공동개발 및 판매를 공동사업으로 결정 (이하 ‘EEE 공동사업’)
DDD에 대한 법인세 부과
국세청 감사관실은 원고와 DDD의 거래를 공동사업으로 보아 공동사업자 직권 등록, 부가가치세 납세의무 부과 지적
피고는 원고에게 부가가치세 및 가산세 경정·고지 (2013년 제1기 부가가치세, 2013년 제2기 ~ 2015년 제2기 부가가치세, 영세율무신고가산세, 사업자미등록가산세)
원고는 조세심판원에 심판청구 제기, 기각

원고는 DDD와 공동사업 관계가 아니며, 중복 세무조사 및 가산세 면제 사유가 존재한다고 주장했습니다.

공동사업 부인:
- 원재료 판매 거래에 해당, 공동 출자 아님
- 이익 분배 방식이 사업 성과에 따른 이익 분배로 보기 어려움
- 손실에 대한 위험 분담 약정 부재
- 협업 기술, 재료의 공동 소유 부인
- 사업 운영에 대한 내부적 공동 관여 부재
- 제품 판매의 주체로서 공동 활동 부인
중복 세무조사 주장: 이 사건 자료제출요구가 위법한 중복조사에 해당
가산세 면제 주장: 공동사업체 형성 의사 부재로 가산세 면제

피고는 원고와 DDD가 공동사업에 해당하며, 적법한 세무조사 및 가산세 부과라고 주장했습니다.

공동사업 인정:
- 이익 및 손실 분배 약정 존재
- 연구개발 비용 분담, 협력 기술 공동 소유
- 운영위원회 운영, 공동 리콜 비용 부담 등
자료제출요구의 적법성: 세무조사에 해당하지 않음, 재조사 허용 사유 존재
가산세 부과 정당성: 가산세 면제 사유 부존재

법원은 원고와 DDD가 공동사업을 영위했다고 판단했습니다.

공동사업의 의미 및 판단 기준: 민법상 조합계약에 의거, 출자, 공동 경영, 지분 또는 손익 분배, 사업의 성공 여부에 대한 이해관계 등을 종합적으로 고려
구체적 판단:
- 이 사건 협력계약, 대량공급계약, 공급 및 제조계약, 변경계약: EEE 제조·판매를 위한 공동 사업 영위 목적
- 운영위원회(Steering Committee) 설립: 연구·개발·상업화 전반 관장, 가격 정책 검토, 연간 계획 지시·승인 및 결과 검토 등 업무 수행
- 독점적 판매 권한 및 on behalf of Parties 명시: 공동 사업의 의미
- 이전가격 산정 방식: 예상 총 마진의 일정 비율을 감안, 이익 분배 목적
- 손실 분배 가능성: 원재료 이전가격 6개월마다 조정, 공장 폐쇄 지연에 따른 비용 포함
- 협력기술, 협력재료의 공동 소유: 공동 사업을 위한 일종의 출자
- 다중상표 사용, DDD의 연간보고서 기재 등: 공동 경영 추단