법인 이월결손금 공제한도 관련 판례
본 판례는 법인 이월결손금 공제한도에 관한 사건으로, 수원지방법원에서 2023년 10월 25일 선고된 판결입니다.
1. 사건 개요
원고는 자회사 지분 소유를 통해 지주사업 등을 영위하는 법인이고, 피고는 과세관청입니다. 원고는 2009년부터 2014년까지 발생한 결손금에 대해 2016년부터 2019년까지 각 사업연도 소득의 60~80%의 이월결손금 공제한도를 적용받아 법인세를 신고·납부했습니다. 이후 원고는 2016~2019 각 사업연도 법인세에서 이월결손금을 공제 한도 없이 전액 공제해 달라는 경정청구를 했으나, 피고는 이를 거부했습니다.
2. 쟁점
본 사건의 쟁점은 구 법인세법 제13조 제1호에 따라 이월결손금 공제 규정을 적용받을 수 있는지 여부입니다. 원고는 개정된 법인세법의 이월결손금 공제한도 규정(이 사건 단서조항)이 소급 적용되어 위법하다고 주장했습니다.
3. 법원의 판단
법원은 원고의 청구를 기각했습니다. 법원은 이 사건 단서조항이 부진정소급입법에 해당하며, 신뢰보호원칙에 위배되지 않는다고 판단했습니다.
3.1. 부진정소급입법 여부
법원은 이 사건 처분이 이미 사업연도가 종료되어 과세요건이 완성된 사실·법률관계에 대해 이 사건 단서조항을 소급 적용한 것이 아니라, 이 사건 단서조항 시행 후 종료되는 사실·법률관계에 대해 적용한 것이므로 부진정소급입법에 해당한다고 판단했습니다.
3.2. 신뢰보호원칙 위배 여부
법원은 부진정소급입법의 경우에도 신뢰보호의 원칙이 문제될 수 있다고 보았습니다. 그러나 이 사건에서는 이 사건 단서조항이 조세정책적 차원에서 도입되었고, 공제한도 설정으로 인해 납세자의 실질적인 세부담이 크게 증가했다고 보기 어렵다는 점 등을 고려하여 신뢰보호원칙에 위배되지 않는다고 판단했습니다.
4. 결론
법원은 이 사건 단서조항이 2016 사업연도 이전 발생한 결손금에 대해서도 적용될 수 있다고 판단하여 원고의 청구를 기각했습니다.
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