부가가치세 부과처분 취소 소송: 국민주택 건설용역 해당 여부 및 가산세 감면

이 사건 공사가 국민주택 건설용역에 해당하는지와 가산세 감면의 정당한 사유 해당 여부  [대전지방법원 2017. 1. 4. 2015구합100746]

부가가치세 부과처분 취소 소송: 국민주택 건설용역 해당 여부 및 가산세 감면

1. 사건 개요

본 사건은 주식회사 0000(원고)가 00세무서장(피고)을 상대로 제기한 부가가치세 부과처분 취소 소송입니다. 2009년 제2기 및 2010년 제1기 부가가치세 부과처분에 대한 취소를 구하는 내용으로, 주요 쟁점은 이 사건 공사가 국민주택 건설용역에 해당하는지 여부와 가산세 감면의 정당한 사유 유무입니다.

2. 처분 경위

사건의 발단은 aa특별시의 도시개발사업에서 시작되었습니다. 2005년 7월 1일, aa특별시장은 bbbbb 공사(CC공사)를 사업시행자로 지정하여 FF지구 도시개발구역 지정을 고시했습니다. 원고는 GGGG산업 주식회사와 공동으로 2005년 9월 5일 CC공사와 FF지구 도시개발사업 단지조성공사에 대한 공사도급계약을 체결했습니다. 이 사건 공사는 부지조성공사 및 사회기반시설 공사 등으로 구성되었습니다.

처음에는 이 사건 공사 전체가 부가가치세 과세대상으로 간주되어 원고는 부가가치세를 신고.납부했습니다. 그러나 aa특별시는 CC공사의 국민주택건설용역사업에 대한 부가가치세 납부 실태를 검토한 결과, 국민주택 건설용역에 대한 부가가치세 면제 결론을 내리고 CC공사에 관련 조치를 지시했습니다. 이에 따라 CC공사는 2008년 1월 10일 원고와 이 사건 변경계약을 체결, 국민주택 부지 면적 비율에 따라 부가가치세를 면제받았습니다.

하지만 aa지방국세청장은 2013년 1월 21일부터 2013년 5월 10일까지 CC공사에 대한 법인 정기조사를 실시한 결과, 원고가 CC공사에 공급한 이 사건 공사용역이 국민주택 건설용역에 해당하지 않는다고 판단하고 관련 과세자료를 피고에게 통보했습니다. 피고는 이를 근거로 2014년 1월 2일 원고에게 2009년 제2기 및 2010년 제1기 부가가치세를 부과했습니다. 원고는 이에 불복하여 이의신청, 심판청구를 제기했으나 모두 기각되자 소송을 제기했습니다. 소송 중 피고는 가산세 부과처분을 직권 취소했습니다.

3. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 주장을 펼쳤습니다.

• 이 사건 공사는 국민주택 건설을 위한 필수적인 용역이므로 부가가치세 면제 대상에 해당합니다.
• 설령 그렇지 않더라도 국민주택 건설용역에 부수되는 용역이므로 면세되어야 합니다.
• 원고는 국세청의 공적 견해 표명과 aa특별시 및 CC공사의 견해를 신뢰하고 면세율에 따라 부가가치세를 신고.납부했으므로, 신뢰보호원칙에 따라 이 사건 처분은 위법합니다.
• 설령 본세 부분이 적법하더라도, 원고는 aa특별시의 지침에 따라 변경계약을 체결하고 면세 부분을 신고.납부하지 못한 것이므로, 가산세 부과는 부당합니다.

4. 관련 법령

• 조세특례제한법 제106조, 제106조 시행령
• 부가가치세법 제12조, 제1조
• 구 부가가치세법 및 시행령

5. 법원의 판단

5.1 본세 부분의 적법 여부

• 국민주택 건설용역 해당 여부: 법원은 이 사건 공사가 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 따라 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설용역에 해당하지 않는다고 판단했습니다.
  • 단지 전체에 대한 부지조성공사 및 사회기반시설 공사는 국민주택 건설에 앞서 독자적으로 진행되었으며, 국민주택 자체의 건설용역으로 보기 어렵다고 보았습니다.
  • 조세법규는 엄격하게 해석해야 하며, 면세 범위를 무분별하게 확대하는 것은 조세공평의 원칙에 부합하지 않는다고 밝혔습니다.
• 부수 용역 해당 여부: 법원은 이 사건 공사가 국민주택 건설용역에 부수하는 용역으로서 부가가치세 면제 대상에 해당하지 않는다고 판단했습니다.
  • 원고는 국민주택 건설공사를 직접 수행하지 않았고, 다른 시공사가 그 건설공사를 수행했으므로, 원고의 공사는 면세 대상인 주된 용역에 필수적으로 부수되는 용역으로 볼 수 없다고 보았습니다.
• 신뢰보호원칙 위반 여부: 법원은 신뢰보호원칙 위반 여부에 대해서도 원고의 주장을 받아들이지 않았습니다.
  • aa특별시나 CC공사의 견해는 과세관청의 공적 견해표명으로 보기 어렵다고 판단했습니다.
  • 국세청의 질의회신은 원고의 질의에 대한 답변이 아니고, 구체적인 사실관계가 불분명하여 이 사건 공사에 동일하게 적용된다고 단정하기 어렵다고 보았습니다.
  • 과세관행이 존재한다고 볼 만한 자료도 없다고 판단했습니다.

결론: 본세 부분의 부과처분은 적법합니다.

5.2 가산세부과처분의 적법 여부

• 법원은 원고가 부가가치세 신고.납부, 세금계산서 미제출 등에 있어 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보았습니다.
  • 이 사건 공사가 국민주택 건설용역에 필수적이거나 부수하여 제공되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 존재했음을 인정했습니다.
  • 원고가 상급기관의 지침에 따라 변경계약을 체결하고 과세관청을 포함한 관련 기관의 검토를 거쳐 적법하게 법령을 해석한 결과에 따른 것이라고 신뢰했을 것으로 보았습니다.
  • 원고는 부가가치세 납부 여부에 따라 별도의 이익을 얻는 것이 아니며, 세금 신고나 납부를 해태할 의도가 있었다고 보기 어렵다고 판단했습니다.
  • 과세관청이 이 사건 공사 준공 이후에 가산세를 부과하는 것은 지나치게 가혹하다고 보았습니다.

결론: 피고가 2014년 1월 2일 원고에 대하여 한 2009년 제2기분 부가가치세 부과처분 중 가산세 845,100원의 부과처분은 위법하여 취소되어야 합니다.

6. 판결 결과

원고의 청구 중 가산세 부과처분 취소 청구는 인용되었고, 나머지 청구는 기각되었습니다. 소송비용은 원고와 피고가 분담하게 되었습니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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