수원지방법원 2014구합51969 판례 분석

이 사건 대체건물의 취득이 비영리법인의 고유목적준비금의 취지에 위배되는 것으로 익금산입 대상인지 여부  [수원지방법원 2015. 4. 9. 2014구합51969]

수원지방법원 2014구합51969 판례 분석

이 사건 판례는 비영리법인의 고유목적준비금 관련 법인세 부과 처분의 적법성을 다루고 있습니다. 특히, 비영리법인이 수익용 부동산을 취득하는 것이 고유목적준비금의 취지에 위배되는지, 그리고 그에 따라 익금 산입 대상이 되는지가 주요 쟁점입니다.

1. 사건의 경위

원고인 학교법인은 1972년 설립 이후 수익용 기본재산을 소유하고 있었습니다. 2008년 00그린시티 개발사업에 편입되어 종전 자산을 매도한 후, 그 매각대금을 비영리사업회계에 전출하고 고유목적사업준비금으로 손금 계상하여 법인세를 신고했습니다. 그러나 세무서는 이 사건 전출금이 수익사업용 대체자산 취득에 사용된 것으로 판단하여 익금 산입 및 법인세를 부과했습니다.

2. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장했습니다.

• 수익사업회계에서 비영리사업회계로의 전출은 법인세법 시행규칙 제76조 제4항에 따라 고유목적사업에 지출된 것으로 간주되어야 하므로, 익금 산입이 부당하다.
• 종전 자산 매각대금을 수익사업용 대체자산 취득에 사용한 경우, 법인세와 증여세는 배타적인 관계에 있으므로 법인세가 부과될 수 없다.
• 설령 법인세가 부과된다 하더라도, 고유목적사업준비금의 손금 산입 후 5년이 경과한 사업연도에 익금 산입해야 한다.
• 가산세 부과에는 정당한 사유가 있다.

3. 법원의 판단

3.1. 이 사건 전출금의 정기예금 예치가 명목뿐인 전입에 해당하는지 여부

법원은 원고가 종전 자산 매각대금을 정기예금에 예치할 당시부터 수익사업용 대체자산 취득에 사용할 목적이 있었고, 실제로 그 목적으로 사용했으므로, 이 사건 전출금의 정기예금 예치는 명목뿐인 전입에 해당한다고 판단했습니다.

이러한 판단의 근거로, 개발계획 고시 및 조기 보상 신청, 대체자산 취득 허가 신청, 관련 용역 계약 체결 및 사업성 검토, 이사회 결의 등을 종합적으로 고려했습니다.

3.2. 법인세법 적용 여부

법원은 법인세법이 비영리법인의 고정자산 처분으로 얻은 수입에 대해 과세하는 것은 원칙이나, 고유목적사업준비금에 대해서는 예외적으로 손금 산입을 허용하고 있음을 설명했습니다. 또한, 상증세법과의 관계에 대해, 양 법률의 과세 대상, 과세 단계, 입법 취지가 다르므로 상증세법 규정이 법인세법 적용을 배제하지 않는다고 판단했습니다.

3.3. 상증세법과의 조화로운 해석

법원은 상증세법이 고유목적사업의 범위를 더 넓게 인정할 수 있지만, 법인세법은 고유목적사업의 범위를 엄격하게 정할 필요가 있다고 보았습니다. 따라서 수익사업용 대체자산을 취득한 경우를 고유목적사업에 사용한 경우로 볼 수 없다고 판단했습니다.

3.4. 익금 산입, 손금 불산입 적용 사업연도

법원은 이 사건 전출금이 명목뿐인 전입에 해당하고, 실제 대체자산 취득에 사용되었으므로, 2009 사업연도에 익금 산입 및 손금 불산입 처분이 적법하다고 판결했습니다.

3.5. 가산세 관련 정당한 사유의 존부

법원은 원고가 법인세 신고 의무를 이행하지 않은 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다고 판단하여 가산세 부과 역시 적법하다고 판결했습니다.

4. 결론

법원은 원고의 청구를 기각하고, 소송비용을 원고가 부담하도록 판결했습니다.

결론적으로, 법원은 비영리법인이 수익사업으로 얻은 자금을 고유목적사업이 아닌 수익사업용 자산 취득에 사용한 경우, 이는 고유목적준비금의 취지에 위배되며, 이에 따른 법인세 부과 처분은 적법하다고 판단했습니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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