국승: 중소기업 특별세액 감면 관련 법령 해석

이 사건 부칙규정에 따라 조특법상 중소기업 특별세액 감면규정에 해당하지 않는 것으로 본 처분은 정당함  [서울행정법원 2022. 9. 29. 2021구합60717]

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국승: 중소기업 특별세액 감면 관련 법령 해석

본 판례는 서울행정법원 2021구합60717 사건으로, 2018년 귀속 법인세 부과 처분에 대한 정당성을 다루고 있습니다.
주된 쟁점은 조세특례제한법 시행령 부칙규정의 적용 여부이며, 중소기업 특별세액 감면 규정에 대한 해석을 제시합니다.

1. 사건 개요

원고는 산업전기제품 판매업 등을 영위하는 법인으로, 2018 사업연도 법인세 신고 시 조세특례제한법상 중소기업 특별세액 감면 규정을 적용하여 세액을 감면받았습니다.
그러나 피고(BB세무서장)는 이 사건 부칙규정에 따라 원고가 감면 대상에 해당하지 않는다고 판단하여 법인세를 증액 경정·고지했습니다.
원고는 이에 불복하여 소송을 제기했습니다.

2. 쟁점 및 원고의 주장

이 사건의 핵심 쟁점은 이 사건 부칙규정이 원고에게 적용되는지 여부입니다.
원고는 2016년 조세특례제한법 시행령 개정으로 인해 소기업의 범위가 변경되었으며, 이로 인해 이 사건 부칙규정의 경과 조치를 적용받아야 한다고 주장했습니다.

3. 법원의 판단

3.1 관련 법규 및 법리

법원은 먼저 중소기업 특별세액 감면 규정의 관련 법규를 검토했습니다.
구 조세특례제한법 제7조 제1항에 따라 중소기업 중 감면 업종을 영위하는 기업에 대해 세액 감면 혜택을 제공하며, 시행령에서 소기업의 범위를 규정하고 있습니다.
특히 이 사건에서는 2016년 시행령 개정으로 인한 소기업 범위 변경에 주목했습니다.

3.2 구체적 판단

법원은 이 사건 부칙규정이 법률 제13560호 조세특례제한법 시행일인 2016년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도의 직전 과세연도에 종전규정에 따라 소기업에 해당했던 기업에게 적용된다고 해석했습니다.
즉, 2015 사업연도에 이미 소기업에 해당하지 않았던 원고는 이 부칙 규정의 적용 대상이 아니라고 판단했습니다.
법원은 이 같은 해석의 근거로 다음과 같은 점을 제시했습니다.

• 이 사건 부칙규정 문언상 2016년 1월 1일 시행 당시 종전 규정에 따라 소기업에 해당했던 기업을 대상으로 한다는 점.
• 경과규정의 성격상 납세의무자의 기득권 및 신뢰 보호를 위해 납세자에게 유리한 종전 규정을 적용하는 것이 타당하다는 점.
• 기획재정부의 유권해석 및 관련 자료에서도 이와 같은 해석을 뒷받침한다는 점.

4. 결론

법원은 원고의 청구를 기각하고, 소송 비용을 원고가 부담하도록 판결했습니다.
이 사건 부칙규정은 2016년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도의 직전 과세연도에 종전 규정에 따라 소기업에 해당했던 기업에게 적용되며, 원고는 이에 해당하지 않으므로 피고의 처분은 정당하다는 것입니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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