이 사건 처분은 위법한 중복조사에 기한 처분임.  [부산고등법원 2016. 1. 15. 2015누165]

법인세 부과처분 취소 소송 판례 정리

1. 사건 개요

본 판례는 위법한 중복 세무조사에 기인한 법인세 부과 처분의 위법성을 다루고 있습니다. 원고(AAAAA 주식회사)는 피고(○○○세무서장)가 부과한 2000년도 귀속 법인세 부과 처분에 대해, 위법한 중복 세무조사에 기초한 처분이라며 그 취소를 구했습니다.

2. 쟁점

가장 중요한 쟁점은 피고의 법인세 부과 처분이 위법한 중복 세무조사에 근거한 것인지 여부입니다. 이 외에도 부당행위계산부인 대상 여부, 제척기간 도과 여부, 신주 시가 산정의 위법성, 가산세 부과 및 납세고지 형식의 위법성 등도 쟁점으로 다루어졌습니다.

3. 사실관계

• 원고는 1999년과 2000년에 걸쳐 특수관계자인 BBBBBB 주식회사가 발행한 신주를 인수하고, 이후 이를 매각하여 양도차손을 계상했습니다.
• 피고는 위 신주 인수 행위가 부당행위계산부인 대상에 해당한다고 보아, 인정이자를 익금산입하고 지급이자를 손금불산입하여 법인세를 부과했습니다.
• 피고는 원고에 대해 3차례의 세무조사를 실시한 후, 다시 2000 사업연도 법인세 등에 대한 세무조사를 실시하고 이 사건 처분을 했습니다.

4. 법원의 판단

4-1. 중복 세무조사 여부

법원은 이 사건 처분이 위법한 중복 세무조사에 기인한 것이라고 판단했습니다. 구 국세기본법 제81조의3 제2항에 따라, 세무공무원은 동일한 세목 및 과세기간에 대해 재조사를 할 수 없는데, 이 사건 세무조사는 이미 실시된 세무조사와 동일한 2000 사업연도 법인세에 대한 것이었기 때문입니다.

4-2. 피고의 주장에 대한 반박

• 피고는 CCC에 대한 배임죄 유죄 판결 등 새로운 자료가 발견되었으므로 중복 조사가 예외적으로 허용되어야 한다고 주장했으나, 법원은 이를 받아들이지 않았습니다. 새로운 자료는 이 사건 세무조사 이후에 발생한 것이므로, 조세 탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 해당하지 않는다고 보았습니다.
• 피고는 제1차 세무조사 당시 모든 항목에 대한 조사가 이루어지지 않았으므로, 중복 조사가 아니라고 주장했으나, 법원은 제1차 세무조사에서 2000 사업연도 법인세 전반에 대한 조사가 이루어졌고, 확인된 자료를 통해 원고가 이익분여를 했다는 점을 충분히 확인할 수 있었다고 판단했습니다.
• 피고는 주식변동조사가 통상적인 법인세 조사와 목적, 방법 등을 달리하므로 중복 조사를 허용해야 한다고 주장했으나, 법원은 주식변동조사만을 달리 보아야 할 특별한 근거가 없다고 보았습니다.

4-3. 결론

법원은 이 사건 처분이 위법한 중복 세무조사에 기초하여 내려진 것이므로, 원고의 나머지 주장에 대한 판단 없이 처분 전부를 취소했습니다.

5. 판례의 의의

이 판례는 중복 세무조사에 대한 법리를 명확히 제시하고 있습니다. 특히, 중복 조사가 예외적으로 허용되는 경우를 엄격하게 제한하여, 납세자의 권익을 보호하고자 했습니다. 또한, 세무조사의 적법성을 확보하고, 과세 관청의 자의적인 세무조사를 방지하는 데 기여할 수 있습니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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