양도소득세 부과 처분 취소 소송: 중소기업 해당 여부와 가산세 부과 적법성

자산총액 5천억원 이상인 기업이 이 사건 회사 주식의 100분의 30 이상을 간접적으로 소유하고 있으면서 최다출자자인 경우에 해당하므로, 이 사건 회사는 중소기업에 해당하지 않음  [서울행정법원 2021. 9. 29. 2020구단76749]

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양도소득세 부과 처분 취소 소송: 중소기업 해당 여부와 가산세 부과 적법성

본 판례는 양도 자산총액 5천억 원 이상인 기업이 간접적으로 주식을 소유하고 있는 경우, 해당 회사가 중소기업에 해당하는지 여부와 가산세 부과가 적법한지를 다루고 있습니다.

1. 사건 개요

원고는 이 사건 회사 주식을 양도하고, 중소기업에 해당한다고 보아 낮은 세율을 적용하여 양도소득세를 신고·납부했습니다. 그러나 피고는 세무조사를 통해 이 사건 회사가 중소기업에 해당하지 않는다고 판단, 더 높은 세율을 적용하여 양도소득세를 경정·고지했습니다. 원고는 이에 불복하여 소송을 제기했습니다.

2. 쟁점

2.1. 중소기업 해당 여부

핵심 쟁점은 자산총액 5천억 원 이상인 법인이 이 사건 회사의 주식을 간접적으로 소유하고 있는 경우, 이 사건 회사가 중소기업기본법상 중소기업에 해당하는지 여부입니다.

원고는 ‘최다출자자’의 소유는 직접 소유만을 의미하며, BB가 최다출자자이고 BB는 자산총액이 5천억 원 미만인 회사이므로 중소기업에 해당한다고 주장했습니다. 피고는 CC가 BB를 통해 간접적으로 이 사건 회사 주식의 30% 이상을 소유하고 있고, CC의 자산총액이 5천억 원 이상이므로 중소기업에 해당하지 않는다고 주장했습니다.

2.2. 가산세 부과 적법성

원고는 CC가 간접적으로 주식을 소유하고 있다는 사실을 알기 어려웠으므로, 양도소득세 적용 세율을 잘못 적용한 데에 정당한 사유가 있어 가산세 부과가 부당하다고 주장했습니다.

3. 법원의 판단

3.1. 중소기업 해당 여부에 대한 판단

법원은 중소기업기본법 및 관련 법령의 입법 취지를 고려하여, 최다출자자가 주식을 ‘간접적으로 소유’하는 경우에도 중소기업에서 제외된다고 판단했습니다.

CC가 BB 및 다른 회사들을 통해 간접적으로 이 사건 회사의 주식을 소유하고 있고, CC의 자산총액이 5천억 원 이상이므로, 이 사건 회사는 중소기업에 해당하지 않는다고 결론 내렸습니다.

3.2. 가산세 부과 적법성에 대한 판단

법원은 원고가 이 사건 회사의 설립자였고, 이 사건 회사가 이미 일반 법인으로 법인세 신고를 한 점 등을 고려할 때, 원고가 양도소득세 신고 시 주의 의무를 다하지 않았다고 판단했습니다.

따라서 가산세 부과에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다고 판단, 피고의 가산세 부과가 적법하다고 판결했습니다.

4. 결론

법원은 원고의 청구를 기각하고, 소송비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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