재화 또는 용역의 공급과 대가관계에 있는지 여부에 따라 부가가치세의 과세표준에 포함되는지가 결정됨  [서울행정법원 2023. 7. 14. 2022구합50076]

부가 재화 또는 용역의 공급과 대가관계: 부가가치세 과세표준 포함 여부 결정

부가 재화 또는 용역의 공급과 대가관계에 있는지 여부에 따라 부가가치세의 과세표준에 포함되는지가 결정된다는 판례입니다.

사건 개요

원고는 국내 암환자를 대상으로 면역세포치료 용역을 제공하고, 이 과정에서 환자들의 혈액을 채취하여 일본의 BBBBB에 전달하여 면역세포를 배양한 후 다시 원고에게 전달받아 국내 환자들에게 수혈하는 방식으로 용역을 제공했습니다. 피고는 원고의 2016년 1기분 부가가치세 부과 처분을 하였고, 원고는 이에 불복하여 소송을 제기했습니다.

원고의 주장

1. 면역세포치료 용역은 알선용역에 불과하며, 부가가치세 과세표준은 알선수수료 상당액으로 한정되어야 한다. 또한, 용역의 본질적인 부분이 국외에서 이루어졌으므로 영세율이 적용되어야 한다.
2. 설령 이 사건 용역의 성격을 달리 보더라도, 원고가 BBBBB에 지급한 면역세포 배양비용은 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다.
3. 면역관문억제제 관련 용역은 구매대행 용역에 해당하므로, 구매대행 수수료 부분만이 부가가치세 과세표준에 해당한다.
4. 가산세 부분은 처분사유가 존재하지 않아 위법하다.

법원의 판단

1. 이 사건 용역의 성격

법원은 원고가 제공한 용역은 단순한 ‘의료행위 알선용역’이 아닌 국내 환자들을 위한 ‘면역세포치료용역’으로 판단했습니다. 환자와 BBBBB 간에는 직접적인 계약관계가 없었고, 원고가 전체적인 치료 과정을 관리했으며, 원고가 BBBBB에 지급하는 면역세포 배양비용 외의 다른 비용에 대한 관리, 수수료를 받는 점 등을 근거로 제시했습니다.

2. 영세율 적용 여부

법원은 이 사건 용역이 ‘면역세포치료용역’이고, 그 핵심적인 부분이 국내에서 이루어졌으므로 영세율 적용이 어렵다고 판단했습니다.

3. 면역세포 배양비용의 과세표준 포함 여부

법원은 원고가 환자들로부터 받아 BBBBB에 지급한 면역세포 배양비용이 원고의 용역과 대가관계에 있다고 보기 어렵다고 판단했습니다. 해당 비용이 1회당 정액으로 지급되었고, 원고와 BBBBB 간에 관련 정산이 이루어졌으며, 과세사실판단자문위원회의 판단 등을 근거로 제시했습니다.

4. 면역관문억제제 관련 용역의 성격

법원은 원고가 면역관문억제제의 구매대행 용역을 제공한 것이 아니라, 재화인 면역관문억제제를 공급한 것으로 보았습니다. 환자들의 의뢰 수량과 원고의 구매 수량의 불일치, 재고의 존재, 약제 구매대금과 구매대행 수수료의 구분 관리 미흡 등을 근거로 제시했습니다.

5. 가산세 부과 적법성

법원은 원고가 차명계좌를 이용하여 매출액을 신고 누락하고 장부에 기재하지 않은 행위는 ‘부정행위’에 해당한다고 보아, 부당과소신고가산세 부과가 적법하다고 판단했습니다.

6. 취소의 범위

법원은 이 사건 처분이 과세표준에 포함될 수 없는 면역세포 배양비용을 포함하고 있어 위법하다고 판단하여, 이 사건 처분 전부를 취소했습니다.

결론

원고의 청구를 인용하여 부가가치세 부과 처분 전부를 취소했습니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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