쟁점주택의 양도를 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부  [서울행정법원 2021. 11. 26. 2020구단70819]

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양도 쟁점주택 관련 양도소득세 과세 처분 취소 소송

본 판례는 국승 서울행정법원 2020구단70819 사건으로, 2019년 귀속 양도소득세 과세 처분의 적법성을 다룹니다. 2021년 11월 26일 선고되었으며, 1심 판결입니다. 주요 쟁점은 양도 쟁점주택에 대한 장기보유특별공제 배제 및 중과세율 적용의 적정성입니다.

1. 사건 개요

1.1. 사실관계

원고는 2001년 6월 19일 서울 ○○구 ○○동 소재 주택(이하 ‘이 사건 주택’)을 매수하여 2019년 7월 15일 12억 7천만 원에 양도했습니다. 원고는 이 사건 주택을 1세대 1주택 고가주택으로 보아 양도소득세를 예정신고했으나, 이후 이 사건 양도가 조정대상지역 내 1세대 3주택 이상에 해당한다고 판단하여, 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용한 수정신고를 했습니다. 원고는 이 사건 주택이 1세대 1주택 고가주택이므로 수정신고한 세금을 환급해달라는 경정청구를 했지만, 피고는 이를 거부했습니다.

1.2. 쟁점

이 사건의 주요 쟁점은 조정대상지역 내 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 양도로 보아 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제한 처분의 적법성 여부입니다.

2. 법원의 판단

2.1. 1세대 3주택 중과세율 적용 여부

법원은 이 사건 양도가 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에 따른 ‘조정대상지역 내 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’에 해당하는지를 판단했습니다. 법원은 원고가 이 사건 주택 외에 장기임대주택과 신규주택을 소유하고 있었고, 이 사건 주택 양도 당시 일시적 2주택에 해당했음을 확인했습니다.

• 법원은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항에 따라, 원고가 소유한 주택들이 주택 수 산정에 포함되며, 이 사건 양도가 중과세율 적용 대상에 해당한다고 보았습니다.
• 원고는 이 사건 주택이 1세대 1주택 특례를 받으므로 1세대 3주택으로 볼 수 없다고 주장했으나, 법원은 소득세법상 세율 적용과 주택 수 계산은 별개로 이루어진다고 보아 원고의 주장을 기각했습니다.

2.2. 장기보유특별공제 적용 여부

법원은 장기보유특별공제 적용 여부에 대해 다음과 같이 판단했습니다.

• 구 소득세법 제95조 제2항 본문에 따라, 조정대상지역 내 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도는 장기보유특별공제 대상에서 제외된다고 보았습니다.
• 원고는 1세대 1주택 고가주택의 경우 장기보유특별공제가 적용되어야 한다고 주장했으나, 법원은 구 소득세법 제95조 제2항 본문이 단서 규정에 우선한다고 보아 원고의 주장을 받아들이지 않았습니다.
• 원고는 과거 국세청 질의회신을 근거로 신뢰보호의 원칙을 주장했으나, 법원은 해당 질의회신이 소득세법 개정 전의 사안에 관한 것이므로 이 사건에 적용할 수 없다고 판단했습니다.

3. 결론

법원은 이 사건 거부처분이 위법하지 않다고 판단하여 원고의 청구를 기각했습니다. 소송비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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