법인 쟁점 비용의 연구개발비 세액공제 대상 여부

쟁점 비용은 세액공제의 대상이 되는 연구개발비에 해당한다고 할 것임 [부산고등법원 2021. 7. 7. 2020누23216]

법인 쟁점 비용의 연구개발비 세액공제 대상 여부

본 판례는 법인 쟁점 비용이 세액공제의 대상이 되는 연구개발비에 해당하는지를 다룹니다. 일부국패 부산고등법원 2020누23216 사건의 판결을 바탕으로, 연구개발비 세액공제 관련 법규 적용 및 해석을 상세히 살펴봅니다.

1. 사건 개요

본 사건은 2011 사업연도 법인세 등 경정청구 거부처분에 대한 취소 소송입니다. 원고는 주식회사 AAAAA, 피고는 BB세무서장입니다. 2심 판결에서 원고 승소 판결이 내려졌습니다.

귀속 연도: 2011년
심급: 2심
생산일자: 2021.07.07.
진행상태: 진행중

2. 쟁점 및 원고/피고 주장

이 사건의 주요 쟁점은 쟁점 비용이 연구개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부입니다. 원고는 이 사건 시스템 개발이 연구개발 활동에 해당하며, 쟁점 비용이 세액공제 대상이라고 주장했습니다. 반면, 피고는 이 사건 시스템 개발이 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로 볼 수 없으며, 쟁점 비용이 세액공제 대상에서 제외되어야 한다고 주장했습니다.

2.1. 원고의 주장

이 사건 시스템 개발은 구 조세특례제한법 제9조 제5항에서 정한 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 해당하므로, 쟁점 비용은 구 조세특례제한법 제10조 제1항에 따른 연구개발비 세액공제의 대상이 된다.
이 사건 시스템은 원고의 매매체결 업무에만 적용되는 시스템으로, 쟁점 예외규정(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용)에 해당하지 않는다.
쟁점 비용은 이 사건 시스템 개발에 지출된 비용 중 연구개발 자체에 대한 비용만을 산정한 것이며, 자산취득 성격의 비용은 포함되지 않았다.

2.2. 피고의 주장

이 사건 시스템 개발은 구 조세특례제한법 제9조 제5항에서 정한 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동이라고 볼 수 없다.
이 사건 시스템 개발은 구 조세특례제한법 제9조 제5항의 ‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’에 해당하며, 자체 연구개발 비용이 아닌 위탁비용은 세액공제의 대상이 되지 않는다.
쟁점 비용은 쟁점 예외규정에 해당하는 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’에 해당하므로 세액공제의 대상이 아니다.
쟁점 비용은 연구개발 자체에 대한 대가가 아니라 연구개발의 성과물을 구입하는 데 지출된 비용이므로 세액공제 대상이 되는 연구개발비에 해당하지 않는다.

3. 법원의 판단

법원은 원고의 주장을 받아들여 쟁점 비용이 세액공제 대상이 되는 연구개발비에 해당한다고 판결했습니다.

3.1. 연구개발의 정의 및 대상

법원은 조세법률주의에 따라 조세법규를 엄격하게 해석해야 한다고 전제하며, 구 조세특례제한법에서 세액공제 대상이 되는 연구개발의 의미를 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동으로 규정하고 있음을 강조했습니다.

법원은 당해 법인이 영위하는 업종을 별도로 제한하고 있지 않으므로 피고의 주장을 배척했습니다.

3.2. 쟁점 예외규정 적용 여부

법원은 이 사건 시스템이 전사적 기업자원 관리설비 또는 그와 유사한 시스템에 해당하지 않는다고 판단했습니다. 이 사건 시스템이 원고의 매매거래 관리를 위해 구축되었으며, 다른 업무 기능과의 통합을 전제로 설계되지 않았다는 점 등을 근거로 제시했습니다.

쟁점 예외규정은 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’을 의미하며, 이 사건 시스템은 이에 해당하지 않는다고 판단했습니다.

3.3. 쟁점 비용의 성격

법원은 원고가 수탁업체에 지급한 쟁점 비용이 연구개발용역의 위탁에 따른 비용에 해당한다고 판단했습니다. 용역계약의 내용, 용역 수행 과정에 대한 검사 및 시정 요구 가능성, 지적재산권의 귀속 등을 종합적으로 고려하여, 쟁점 비용이 연구개발의 결과물을 구입하기 위한 비용에 불과하다고 볼 수 없다고 결론 내렸습니다.

법원은 쟁점 비용이 연구개발 용역의 위탁에 따른 비용이므로, 세액공제 대상이 된다고 판단했습니다.