법인 쟁점 토지의 고유목적 사업 사용 여부: 청주지방법원 판례 분석

쟁점 토지가 고유목적 사업에 사용되었는 지 여부  [청주지방법원 2022. 9. 29. 2022구합50286]

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법인 쟁점 토지의 고유목적 사업 사용 여부: 청주지방법원 판례 분석

본 문서는 청주지방법원 2022-구합-50286 판례를 바탕으로, 법인 쟁점 토지가 고유목적 사업에 사용되었는지 여부에 대한 법적 판단을 상세히 분석합니다. 해당 판례는 2017년 귀속 사업연도에 대한 법인세 부과 처분을 다루고 있으며, 비영리내국법인의 자산 양도소득에 대한 과세 특례 적용 여부가 핵심 쟁점입니다.

1. 사건 개요 및 처분 경위

원고는 율곡 이이 등 구현을 배향하는 서원으로서, 고유목적사업은 선현에 대한 봉제사, 유도 진흥 및 문화 향상, 재산 유지·관리를 목적으로 하는 비영리법인입니다. 원고는 2017년 11월 3일, 소유 토지를 공공용지 협의 취득을 원인으로 양도하고, 양도소득세 및 농어촌특별세를 예정 신고·납부했습니다.

이후 원고는 해당 토지가 고유목적사업에 직접 사용되었으므로 양도소득세가 부과될 수 없다고 주장하며 경정청구를 제기했으나, 과세관청은 이를 받아들이지 않았습니다. 피고는 해당 토지의 양도가 원고의 고유목적사업에 직접 사용된 자산의 처분에 해당하지 않는다고 보아 법인세를 부과했고, 원고는 이에 불복하여 행정소송을 제기했습니다.

2. 원고의 주장 및 쟁점

원고는 이 사건 각 토지가 “3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산”에 해당하므로 법인세 과세 대상이 아니라고 주장했습니다. 주요 주장은 다음과 같습니다.

• 원고의 정관상 목적에 ‘서원 재산의 유지·관리’가 포함되어 있으며, 토지 임대료를 서원 유지·관리 비용으로 사용했으므로 고유목적사업에 해당한다.
• 고유목적사업 사용 여부의 기산점은 토지 취득 시점(사액받은 시점)부터 판단해야 한다.

핵심 쟁점은 ① 고유목적사업 사용의 기산점, ② 이 사건 토지가 고유목적사업에 직접 사용되었는지 여부입니다.

3. 법원의 판단

3.1. 고유목적사업 사용 기산점

법원은 조세법률주의 원칙에 따라 법령을 엄격하게 해석해야 한다고 전제했습니다. 구 법인세법 제3조 제3항 제5호 및 구 법인세법 시행령 제2조 제2항에 의거하여, “처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산”의 처분 수입만 과세소득에서 제외된다고 판시했습니다. 즉, 처분일을 기준으로 3년 이상 고유목적사업에 사용해야 한다는 것입니다. 원고의 주장처럼 자산 취득 시점부터 양도 시점까지 3년 이상 사용하면 된다는 주장은 받아들여지지 않았습니다.

3.2. 이 사건 토지의 고유목적사업 사용 여부

법원은 원고의 정관상 목적, 토지 취득 경위, 용도, 사용 실태 등을 종합적으로 고려하여 판단했습니다. 특히, 고유목적사업은 선현에 대한 봉제사로 한정하며, 이 사건 각 토지가 농경지 및 임야로 서원 건물이나 시설물이 위치해 있지 않고, 임대 수익이 발생한 점 등을 근거로 고유목적사업에 직접 사용되었다고 보기 어렵다고 판단했습니다.

4. 결론

법원은 원고의 청구를 기각하고, 소송비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다. 이 사건 처분은 적법하며, 이 사건 토지 처분으로 인한 수입은 법인세 과세 대상에 해당한다고 결론 내렸습니다.

결론적으로, 비영리법인의 자산 양도소득에 대한 과세 특례 적용을 위해서는, 해당 자산이 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용되었음을 입증해야 하며, 단순히 재산 유지·관리를 위한 임대 행위만으로는 고유목적사업으로 인정받기 어렵다는 점을 시사합니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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