정부출연연구기관의 기술료수입이 부가가치세 과세대상에 해당하는지 여부 [대전지방법원 2018. 11. 1. 2017구합104391]
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부가 정부출연연구기관 기술료 수입의 부가가치세 과세 여부
본 판례는 정부출연연구기관의 기술료 수입에 대한 부가가치세 과세 여부를 다룬 대전지방법원 판결(2017구합104391)을 정리한 것입니다. 해당 판결은 2018년 11월 1일에 선고되었으며, 원고의 청구를 기각했습니다.
1. 사건 개요
원고는 과학기술 분야 정부출연연구기관으로, 기술료 징수 사업을 수익 사업으로, 연구개발 사업 등을 비수익 사업으로 구분하여 법인세를 신고해 왔습니다. 원고는 기술료 징수 사업에서 발생하는 비용을 개별 손금으로 처리하고, 기술료 수입에 대해 부가가치세를 면제받았습니다.
피고인 세무서는 원고의 기술료 수입에 대해 부가가치세를 과세하고, 관련 비용을 공통 손금으로 보아 법인세를 경정했습니다. 이에 원고는 이의를 제기하며 소송을 제기했습니다.
2. 쟁점
이 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다.
2-1. 법인세 과세표준 경정처분
이 사건 비용이 수익 사업인 기술료 징수 사업의 개별 손금에 해당하는지, 아니면 공통 손금에 해당하는지 여부
2-2. 부가가치세 부과처분
이 사건 기술료 등(기술료, 수수료)이 부가가치세 면제 대상에 해당하는지 여부.
- 이 사건 용역이 ‘학술(기술)연구단체가 학술(기술)연구와 관련하여 공급하는 용역’에 해당하는지 여부
- 이 사건 용역이 ‘주무관청의 허가를 받아 설립된 학술연구단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 용역’에 해당하는지 여부
2-3. 신의성실 원칙 위배 여부
과세관청의 공적 견해 표명 및 비과세 관행 존재 여부
2-4. 부과 제척 기간 경과 여부
3. 법원의 판단
법원은 원고의 청구를 모두 기각했습니다. 각 쟁점에 대한 법원의 판단은 다음과 같습니다.
3-1. 법인세 과세표준 경정처분 관련
법원은 이 사건 비용이 수익 사업과 비수익 사업에 공통으로 관련된 공통손금에 해당한다고 판단했습니다.
3-2. 부가가치세 부과처분 관련
- 법원은 이 사건 용역이 ‘학술(기술)연구단체가 학술(기술)연구와 관련하여 공급하는 용역’에 해당하지 않는다고 판단했습니다.
- 법원은 이 사건 용역이 ‘주무관청의 허가를 받아 설립된 학술연구단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 용역’에 해당하지 않는다고 판단했습니다.
3-3. 신의성실 원칙 위배 여부 관련
법원은 과세관청의 공적 견해 표명이나 비과세 관행이 있었다고 볼 수 없다고 판단했습니다.
3-4. 부과 제척 기간 경과 여부 관련
판결문에는 부과 제척 기간에 대한 판단이 명시적으로 나타나 있지 않습니다.
4. 결론
법원은 정부출연연구기관의 기술료 수입에 대해 부가가치세를 과세하는 것이 적법하다고 판단했습니다. 또한, 관련 법인세 경정처분 및 부가가치세 부과처분 또한 적법하다고 판결했습니다.
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출처 : 법제처 국가법령정보센터
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