중소기업 유예 중인 기업이 관계기업에 해당하더라도 유예기간이 실효되지 않음  [수원지방법원 2016. 2. 18. 2015구합65439]

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중소기업 유예 기업의 관계기업 해당 여부와 유예기간 실효 관련 판례

본 판례는 중소기업 유예 기간 중인 기업이 관계 기업에 해당하는 경우에도 유예 기간이 실효되지 않는다는 점을 명확히 한 사례입니다. 이는 조세 특례 적용에 있어 중요한 기준을 제시합니다.

1. 사건 개요

1.1. 사건 정보

• 사건번호: 수원지방법원 2015구합65439
• 귀속연도: 2012년
• 심급: 1심
• 선고일: 2016년 2월 18일
• 사건 진행 상태: 완료
• 관련 법령: 조세특례제한법 시행령 제2조

1.2. 사건의 배경

원고는 금형부품 제조업체로 2009년까지 중소기업으로 조세 특례를 받았습니다. 2010년에 매출액이 1,000억 원을 초과하여 중소기업 요건을 상실했지만, 조세특례제한법 시행령에 따라 2010년부터 2013년까지 유예 기간을 적용받았습니다.

2. 쟁점 및 원고의 주장

2.1. 쟁점

본 사건의 핵심 쟁점은 중소기업 유예 기간 중인 기업이 관계 기업에 해당하게 된 경우, 해당 유예 기간이 실효되는지 여부입니다.

2.2. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장했습니다.

1. 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호는 ‘중소기업이 같은 조 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당함으로써 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우’에만 적용되는 규정이므로, 유예기간을 적용받고 있는 기업에게는 적용되지 않아야 한다.
2. 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 다목은 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 신설되었고, 2012 사업연도부터 시행됨으로써 원고가 새로이 중소기업에 해당하지 않게 된 것이므로 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 에 따라 중소기업 유예기간이 인정되어야 한다.

3. 법원의 판단

3.1. 판결 요지

법원은 중소기업 요건을 불충족하여 유예 기간을 적용받는 기업이 관계 기업에 해당하더라도, 이미 부여된 유예 기간은 실효되지 않는다고 판결했습니다.

따라서 원고에게 부과된 법인세 경정 거부 처분을 취소했습니다.

3.2. 판결의 근거

법원은 다음과 같은 근거를 들어 이 같은 결론을 내렸습니다.

1. 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항의 문언에 따르면, 중소기업이 규모 확대 등으로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 유예 기간 동안은 중소기업으로 간주합니다.
2. 2015년 개정된 조세특례제한법 시행령은 관계 기업 기준 초과로 중소기업 해당 여부가 달라지는 경우 유예 기간 적용 제한 사유에서 제외하고 있습니다.
3. 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호는 최초로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에 적용되는 규정으로 해석해야 합니다.
4. 유예 기간 중인 기업의 합병의 경우에는 유예 기간이 실효된다는 점을 명시하고 있으나, 관계 기업 기준 미충족의 경우에는 명시적인 규정이 없는 점을 고려해야 합니다.

4. 결론 및 시사점

4.1. 결론

법원은 원고의 주장을 받아들여, 피고가 원고에게 한 법인세 경정 거부 처분을 취소했습니다. 이는 중소기업 유예 기간을 적용받는 기업에 대한 조세 정책의 해석에 중요한 기준을 제시하는 판결입니다.

4.2. 시사점

본 판례는 중소기업 관련 조세 특례 적용에 있어 유예 기간의 의미와 적용 범위를 명확히 했습니다.

특히, 유예 기간 중 관계 기업에 해당하더라도 유예 기간이 실효되지 않는다는 점을 확인하여, 관련 기업들의 조세 계획 수립에 중요한 지침을 제공합니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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