지방이전 회사가 실질 본점의 역할을 수행하였다고 볼수 없으므로 감면배제한 처분은 적법  [대전지방법원 2015. 6. 25. 2014구합104079]

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법인 지방 이전 회사의 감면 배제 처분 관련 판례 정리

1. 사건 개요

대전지방법원 2014구합10479 판례는 법인 지방 이전 회사가 실질적인 본점 역할을 수행하지 못했으므로 감면 배제 처분이 적법하다는 판결을 내렸습니다. 이 사건은 2007년 귀속 법인세 부과 처분에 대한 소송으로, 2015년 6월 25일 1심에서 완료되었습니다.

2. 주요 내용

2.1. 사건 배경

원고 회사는 소프트웨어 개발 및 서비스업 등을 목적으로 설립되었으며, 수도권 과밀억제권역에 있던 본점 소재지를 수도권 외 지역으로 이전했습니다. 원고는 구 조세특례제한법 제63조의2에 따라 법인세 감면을 신청했으나, 피고는 원고가 실질적인 본점 역할을 수행하지 못한다고 판단하여 감면을 배제하고 법인세를 부과했습니다.

2.2. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 주장을 펼쳤습니다.

• 구 조세특례제한법 제63조의2에서의 ‘본사’는 등기부상 본점을 의미하며, 실질적인 영업 여부를 따지는 것은 조세법률주의에 위배된다.
• 이 사건 사무소에서 대표이사와 여직원이 근무하며 주된 사업을 수행했으므로 본사에 해당한다.
• 과거 국세청의 유권해석과 감면 신청 승인을 신뢰했으므로, 이 사건 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다.

2.3. 법원의 판단

법원은 다음과 같은 근거로 피고의 손을 들어주었습니다.

• 조세 감면 요건에 대한 입증 책임은 납세 의무자에게 있으며, 특히 특혜 규정은 엄격하게 해석해야 한다.
• 조세특례제한법 제63조의2의 취지는 실질적인 지방 균형 발전과 수도권 과밀화 억제에 기여하는 기업에 법인세 감면 혜택을 주는 것이다.
• 등기부상 본점 외에 실질적으로 본점 역할을 하는 곳을 기준으로 판단해야 한다.
• 이 사건 사무소는 소프트웨어 개발 용역 매출보다 매출원가, 판매비, 관리비가 더 컸으며, 자산수증이익 등에 근거하여 소득이 발생했다.
• 실질적인 본점 역할을 수행했다고 보기 어려우므로, 구 조세특례제한법 제63조의2에서의 ‘본사’에 해당하지 않는다.
• 과거의 유권해석과 감면 승인은 이 사건 사무소의 실질적인 역할과는 무관하며, 신의성실의 원칙에 위배되지 않는다.

3. 결론

법원은 원고의 청구를 기각하고, 소송 비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다. 이는 법인 지방 이전 시 단순히 등기부상 본점 소재지만 변경하는 것이 아니라 실질적인 본점 역할을 수행해야 법인세 감면 혜택을 받을 수 있음을 보여주는 중요한 판례입니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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