청구법인이 법령개정으로 중소기업에서 제외되어 유예기간을 적용받을 수 있는지 여부 등  [인천지방법원 2016. 6. 23. 2015구합51051]

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법인세 부과처분 취소 소송: 중소기업 유예기간 적용 여부

본 판례는 법령 개정으로 중소기업에서 제외된 법인이 유예기간을 적용받을 수 있는지 여부를 다룬 사건입니다. 인천지방법원에서 2016년 6월 23일에 판결되었으며, 2012년 귀속 법인세 부과 처분의 적법성을 판단했습니다.

1. 사건 개요

1.1. 사건 정보

• 사건번호: 인천지방법원 2015-구합-51051
• 귀속년도: 2012년
• 심급: 1심
• 판결일자: 2016년 6월 23일
• 원고: 세OOO 주식회사
• 피고: OO세무서장

1.2. 주요 쟁점

본 사건의 핵심 쟁점은 법령 개정으로 중소기업에서 제외된 법인이 중소기업 유예기간을 적용받아 세법상 혜택을 유지할 수 있는지 여부입니다. 특히, 관계회사 기준 변경에 따른 유예기간 적용 배제 여부가 중요한 판단 근거가 되었습니다.

2. 처분 경위

2.1. 중소기업 유예기간 적용

원고는 2009 사업연도에 매출액 1,000억 원을 초과하여 중소기업에서 제외되었지만, 구 조세특례제한법 시행령에 따라 2010, 2011, 2012 사업연도까지 중소기업 유예기간을 적용받았습니다.

2.2. 법령 개정

중소기업기본법 시행령 및 조세특례제한법 시행령의 개정으로 중소기업의 판단 기준이 변경되었습니다. 특히, 관계회사에 속하는 기업의 경우, 상시 근로자 수, 자본금, 매출액 등이 중소기업 기준을 초과하면 중소기업으로 인정하지 않는 규정이 신설되었습니다.

2.3. 관계회사 해당 및 법인세 신고

원고는 □□홀딩스 주식회사와 관계회사에 해당하며, 원고와 □□홀딩스의 2012 사업연도 매출액 합계는 1,000억 원을 초과했습니다. 원고는 2012 사업연도에 결손이 발생하여 결손금 소급공제에 의한 환급을 신청했습니다.

2.4. 부과처분 및 전심절차

피고는 개정된 조세특례제한법 시행령에 따라 원고가 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없다고 판단하여 법인세 부과 처분을 했습니다. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판을 청구했지만 기각되었습니다.

3. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 부과 처분의 위법성을 주장했습니다.

3.1. 개정 법령 적용 시점 문제

원고는 관계회사에 대한 중소기업 제외 기준은 2012년 1월 1일부터 적용되므로, 2012 사업연도에 중소기업 유예기간을 적용받아야 한다고 주장했습니다.

3.2. □□홀딩스의 실질적 활동 여부

□□홀딩스가 2011년 12월 31일 기준으로 실질적인 사업 활동을 하지 않았으므로, 관계회사로 볼 수 없다고 주장했습니다.

3.3. 신뢰보호 원칙 위반 주장

사후적인 법령 개정으로 유예기간 적용이 배제되는 것은 신뢰보호 및 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장했습니다.

3.4. 유예기간의 적용

개정 조세특례제한법 시행령에 따라 원고는 중소기업에 해당하지 않게 된 사유가 발생한 날부터 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보아야 한다고 주장했습니다.

4. 법원의 판단

4.1. 중소기업 해당 여부

법원은 2012 사업연도 법인세 납부 의무 성립 당시 원고가 개정 조세특례제한법 시행령에서 정한 관계회사의 중소기업 제외 기준을 충족하여 ‘중소기업’에 해당하지 않는다고 판단했습니다.

4.2. 유예기간 적용 여부

법원은 원고가 이미 2009 사업연도 매출액이 1,000억 원을 초과하여 구 조세특례제한법 시행령에 따라 중소기업 유예기간을 적용받고 있었으므로, 기존의 유예기간은 실효되지 않는다고 판단했습니다. 법원은 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항의 문언을 근거로, 유예기간 동안은 조세 감면 요건인 중소기업 해당 여부를 별도로 판단하지 않고 중소기업으로 간주해야 한다고 해석했습니다.

5. 결론

법원은 원고가 2012 사업연도에도 중소기업 유예기간의 적용을 받아야 한다고 판단하여, 피고의 부과 처분을 취소했습니다. 결론적으로, 법령 개정에도 불구하고 기존에 부여된 유예기간은 유지되어야 한다는 점을 명확히 했습니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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