토지를 양도한 이후 법인으로 보는 단체의 승인받은 경우 법인세법 시행령 제2조등의 규정이 적용될 여지가 없음  [수원지방법원 2015. 6. 19. 2014구단32183]

양도 토지 관련 법인으로 보는 단체의 승인과 법인세법 시행령 제2조 등의 적용

이 판례는 토지 양도 후 ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받은 경우, 법인세법 시행령 제2조 등의 규정 적용 여부에 대한 중요한 기준을 제시합니다.

사건 개요

원고는 토지를 양도한 후 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받았으나, 세무서는 양도소득세 경정청구를 거부했습니다. 이에 원고는 소송을 제기하여 경정청구 거부 처분의 취소를 구했습니다.

쟁점

주된 쟁점은 다음과 같습니다.

• 토지 양도 당시에는 개인의 지위였으나, 이후 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받은 경우, 양도소득세 납세 의무가 있는지 여부
• 법인세법 시행령 제3조 제2항을 적용할 수 있는지 여부

법원의 판단

1. 법인세법 시행령 제3조 제2항 적용 가능성

법원은 법인세법 시행령 제3조 제2항에 따라, 최초 사업연도 개시 전에 발생한 손익을 법인에 귀속시킬 수 있는지 여부를 판단했습니다. 법원은 다음의 사정을 고려하여 이 규정의 적용이 가능하다고 보았습니다:

• 원고가 ‘법인으로 보는 단체’ 승인 요건을 이미 갖추고 있었으나, 세법 지식 부족으로 승인 절차를 늦게 진행한 점
• 조세 포탈의 의도가 없었던 점
• 종중의 실질적인 변화가 없었던 점

2. 양도소득세 납세 의무

법원은 이 사건 부동산의 양도에 따른 손익을 법인의 손익에 귀속시킬 수 있다고 판단했습니다. 그 결과, 원고는 ‘법인으로 보는 단체’로서 양도소득세 납세 의무가 없다고 판결했습니다.

3. 고유목적사업 사용 여부

법원은 원고가 이 사건 부동산을 3년 이상 종중의 선산으로 사용해왔다는 점을 인정하여, 해당 토지 처분으로 인한 수입이 법인세 과세소득에서 제외되어야 한다고 판단했습니다. 그 결과 원고는 법인세 납세의무도 없다고 판결했습니다.

판결 결과

법원은 원고의 청구를 인용하여, 피고의 양도소득세 경정청구 거부 처분을 취소했습니다. 또한 소송비용을 피고가 부담하도록 했습니다.

결론

이 판례는 토지를 양도한 이후 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받은 경우에도, 조세 회피 목적이 없고, 법인 설립 전후 실질적인 변화가 없다면, 법인세법 시행령 제3조 제2항을 적용하여 양도소득세를 면제받을 수 있다는 점을 명확히 했습니다. 또한, 고유목적 사업에 사용된 토지 처분으로 인한 수입은 법인세 과세 대상에서 제외된다는 점을 재확인했습니다.

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