부가 토지 양도 후 건물 임차 사용, 지상 건물 철거 시 매입세액 공제 허용 판례 정리

토지 양도 후 건물을 임차하여 사용하다 지상건물을 철거한 경우 매입세액 공제가 허용됨.  [전주지방법원 2021. 2. 18. 2019구합2043]

부가 토지 양도 후 건물 임차 사용, 지상 건물 철거 시 매입세액 공제 허용 판례 정리

1. 사건 개요

2017년 귀속 부가가치세 관련하여, 토지 양도 후 건물을 임차하여 사용하던 사업자가 지상 건물을 철거한 경우, 해당 철거와 관련된 매입세액 공제가 허용되는지 여부가 쟁점이 된 사건입니다.

2. 사실관계

  • 원고는 화학제품 제조 및 판매업을 영위하는 법인으로, 토지 및 건물(이하 ‘이 사건 각 토지’, ‘이 사건 각 건물’)에서 사업을 영위해 왔습니다.
  • 원고는 2015년 이 사건 각 토지를 매도하는 계약을 체결하고, 2016년 소유권 이전 등기를 완료했습니다.
  • 매매 계약 후, 원고는 AAAA와 임대차 계약을 맺고 이 사건 각 건물을 계속 사용하며 제품을 생산했습니다.
  • 2017년, 원고는 건물 철거를 위해 BBBB와 용역 계약을 체결하고, 용역 대가를 지급했습니다.
  • 원고는 2017년 제2기 및 2018년 제1기 부가가치세 신고 시, 건물 철거 관련 매입세액을 공제하여 환급을 신고했습니다.
  • 피고(세무서장)는 해당 매입세액을 불공제 대상으로 보아 환급을 거부하고, 가산세를 부과했습니다.
  • 원고는 이에 불복하여 환급 거부 처분 등의 취소를 구하는 소송을 제기했습니다.

3. 쟁점

  • 매입세액 공제 가능 여부
    • 면세사업 관련 매입세액 해당 여부
    • 사업 관련성 유무
    • 토지 취득원가를 구성하는 비용 관련 매입세액 해당 여부

4. 법원 판단

4-1. 면세사업 관련 매입세액 해당 여부

법원은 원고가 과세사업자인 화학제품 제조 및 판매업을 영위하고 있으며, 토지 양도는 면세사업에 해당하지만, 면세사업과 과세사업은 구분되어야 한다고 판단했습니다. 따라서, 이 사건 매입세액을 ‘면세사업 관련 매입세액’으로 보아 공제를 배제한 피고의 주장은 이유 없다고 판시했습니다.

4-2. 사업 관련성 유무

법원은 부가가치세법상 사업 관련성의 유무는 지출의 목적, 경위, 사업의 내용 등을 종합적으로 고려하여 판단해야 한다고 설명했습니다. 원고가 공장 이전을 위해 토지를 매도하고, 매도 후에도 일정 기간 건물을 임차하여 사용한 점, 건물 철거가 공장 이전 과정의 일환이었던 점 등을 고려할 때, 건물 철거와 관련된 지출은 원고의 사업과 관련성이 있다고 판단했습니다. 따라서, 사업 관련성이 없다는 피고의 주장 역시 받아들여지지 않았습니다.

4-3. 토지 취득원가를 구성하는 비용 관련 매입세액 해당 여부

법원은 부가가치세법상 토지 관련 매입세액 불공제 취지는 토지가 면세재화이기 때문이며, 토지 조성 등 자본적 지출은 토지 소유자가 토지 가치를 증가시키기 위해 지출하는 비용을 의미한다고 설명했습니다. 원고가 이 사건 각 토지를 매도한 후 임차인의 지위에서 건물 철거 용역을 지출했으므로, 해당 용역대금이 ‘토지의 취득원가를 구성하는 비용’에 해당한다고 보기 어렵다고 판단했습니다. 따라서, 피고의 이 부분 주장도 배척되었습니다.

4-4. 조세 회피 행위 여부

법원은 매입세액 공제 여부는 부가가치세법 규정에 따라 제한적으로 판단해야 하며, 사업 관련성이 인정되는 매입세액은 특별한 규정이 없는 한 공제되어야 한다고 밝혔습니다. 설령 원고가 매입세액 공제를 위해 이례적인 거래를 했다 하더라도, 이를 불공제 대상으로 볼 명시적인 규정이 없으므로, 공제를 부인할 수 없다고 판시했습니다.

5. 결론

법원은 원고의 청구를 받아들여, 피고의 환급 거부 처분 및 가산세 부과 처분을 모두 취소했습니다. 즉, 토지 양도 후 건물을 임차하여 사용하다가 철거한 경우, 해당 철거와 관련된 매입세액은 공제될 수 있다는 판결을 내렸습니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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