법인세 부과 처분 무효 확인 판결

특례부과제척기간 적용 시 확정판결에 따른 경정 등 필요한 처분의 범위  [서울행정법원 2022. 12. 9. 2021구합79032]

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법인세 부과 처분 무효 확인 판결

본 판례는 서울행정법원 2021구합79032 사건으로, 법인세 부과 처분의 무효 여부를 다룬 사건입니다. 2010 사업연도 법인세 부과 처분에 대한 부과 제척 기간 만료 및 특례 제척 기간 적용 여부가 주요 쟁점이 되었습니다.

1. 사건 개요

원고는 자동차 부품 제조·판매업 등을 영위하는 상장법인으로, 2009년 합병 과정에서 발생한 영업권 관련 감가상각비 손금 불산입 및 익금 산입 처분에 대해 다퉜습니다. 피고는 원고에게 2010 사업연도 법인세를 부과했으나, 원고는 부과 제척 기간 도과를 주장하며 무효임을 확인하는 소송을 제기했습니다.

2. 쟁점 및 판단

2-1. 부과 제척 기간 도과 여부

과세관청은 부과 제척 기간이 만료된 후에 법인세 부과 처분을 하였는지 여부가 핵심 쟁점이었습니다. 법인세 부과 제척 기간은 일반적인 경우 5년이며, 원고의 2010 사업연도 법인세 부과 제척 기간은 2011년 4월 1일부터 5년간입니다. 피고는 2020년 6월 18일에 이 사건 부과 처분을 하였으므로, 법원은 부과 제척 기간이 도과된 후에 이루어진 처분이라고 판단했습니다.

2-2. 특례 제척 기간 적용 여부

피고는 선행 소송의 판결에 따라 경정 처분을 한 것이므로, 특례 제척 기간을 적용해야 한다고 주장했습니다. 그러나 법원은 선행 소송에서 다퉈진 과세 기간과 이 사건 부과 처분의 과세 기간이 다르므로, 선행 소송의 판결이 특례 제척 기간 적용의 근거가 되는 ‘판결’에 해당하지 않는다고 판단했습니다.

법원은 대법원 판례(2012두6636)를 인용하여, 확정된 판결에서 다투어진 과세 처분과 과세 기간을 달리하는 새로운 과세 처분에 대해서는 특례 제척 기간을 적용할 수 없다고 판시했습니다. 또한, 국세기본법 개정(2016.12.20. 법률 제14382호)으로 과세 기간이 다른 경우에도 특례 제척 기간을 적용할 수 있게 되었지만, 이 사건에는 소급 적용되지 않는다고 보았습니다.

3. 결론

법원은 이 사건 부과 처분이 부과 제척 기간이 도과된 후에 이루어졌으므로 무효라고 판결했습니다. 원고의 청구를 인용하고, 소송 비용은 피고가 부담하도록 했습니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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