법인 합병 시 이월결손금 공제 관련 판례

합병법인과 피합병법인 간의 구분경리를 통하여 각각의 이월결손금 역시 해당 합병법인 및 피합병법인의 소득에서 공제하도록 하고 있는바, 공제한도 역시 합병법인과 피합병법인의 각각의 소득금액을 기준으로 계산하는 것이 타당함  [울산지방법원 2022. 9. 29. 2021구합10037]

법인 합병 시 이월결손금 공제 관련 판례

본 판례는 법인 합병 시 이월결손금 공제에 대한 중요한 기준을 제시합니다. 특히 합병법인과 피합병법인 간의 구분경리를 통해 각 법인의 이월결손금을 소득에서 공제하는 방법과 공제한도 계산에 대한 명확한 원칙을 제시합니다.

1. 사건 개요

울산지방법원 2021구합10037 사건은 법인세 경정거부처분취소 소송으로, 합병 과정에서 발생한 이월결손금 공제와 관련된 쟁점을 다루었습니다. 원고는 AAAAA 주식회사, 피고는 BB세무서장이었습니다. 2022년 9월 29일 1심 판결이 선고되었으며, 원고의 청구는 기각되었습니다.

2. 쟁점 및 원고의 주장

원고는 2014년 6월 1일 CCCCCC 주식회사를 흡수합병한 후, 2017~2019 사업연도의 법인세 신고 시 이월결손금 공제를 신청했습니다. 그러나 피고는 기존 해석 사례를 근거로 경정청구를 거부했습니다. 원고는 법인세법 제13조 제1항, 제45조 제2항 등을 근거로 하여, 합병법인과 피합병법인의 소득을 구분하지 않고 전체 소득에 공제한도를 적용해야 한다고 주장했습니다.

3. 법원의 판단

법원은 조세법률주의 원칙에 따라 조세법규를 엄격하게 해석해야 하며, 합리적 이유 없는 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는다고 밝혔습니다. 법원은 다음과 같은 근거를 들어 피고의 처분이 적법하다고 판단했습니다.

3.1. 이월결손금 승계의 예외적 허용

피합병법인의 이월결손금은 원칙적으로 합병법인에게 승계되지 않지만, 법인세법 제45조 제2항은 일정 요건을 갖춘 적격합병의 경우에 한하여 승계사업 소득금액의 범위 내에서 이월결손금 공제를 허용합니다. 이는 조세회피를 방지하고 과세의 공평성을 기하기 위한 취지입니다.

3.2. 구분경리에 따른 공제

법인세법 제113조 제3항 제1호에 따라, 합병법인은 피합병법인의 이월결손금을 공제받기 위해 자산, 부채, 손익을 구분하여 기록해야 합니다. 따라서 합병법인과 피합병법인은 구분경리를 통해 각각의 이월결손금을 소득에서 공제해야 하며, 공제한도 역시 각 법인의 소득금액을 기준으로 계산하는 것이 타당합니다.

3.3. 입법 취지 고려

법원은 법인세법 제45조 제2항의 입법 취지를 고려하여, 합병을 이용한 조세 회피를 방지하기 위해 합병법인과 피합병법인의 이월결손금을 각각의 사업에서 발생한 소득금액에서 공제하도록 해야 한다고 강조했습니다.

4. 결론

법원은 합병법인과 피합병법인의 이월결손금 공제는 구분경리를 통해 이루어져야 하며, 공제한도는 각 법인의 소득금액을 기준으로 계산해야 한다고 판결했습니다. 따라서 원고의 청구를 기각하고 소송비용을 원고가 부담하도록 했습니다.

5. 관련 법령

  • 법인세법 제13조
  • 법인세법 제45조
  • 법인세법 제113조

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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