2011년도에 발생한 석박사 인건비에 대한 연구인력개발비 세액공제액은 최저한세가 적용되지 않음 [서울행정법원 2018. 6. 7. 2017구합70670]
법인세 관련 판례 정리: 2011년 석박사 인건비 연구·인력개발비 세액공제와 최저한세 적용 여부
1. 사건 개요
본 판례는 2011년에 발생한 법인의 석·박사 인건비에 대한 연구·인력개발비 세액공제액에 최저한세가 적용되는지를 다룹니다. 원고는 2011년도에 발생한 세액공제액에 대해 최저한세 적용을 받지 않는다고 주장하며, 피고의 경정청구 거부 처분을 취소해 달라는 소송을 제기했습니다.
2. 주요 쟁점
- 2011년도에 발생한 연구·인력개발비 세액공제액에 대해 개정된 조세특례제한법 제132조 제1항 제3호가 적용되어 최저한세가 적용되는지 여부
- 구 조세특례제한법과 개정 조세특례제한법의 적용 시점
- 이월세액공제의 성격과 최저한세 적용의 관계
3. 관련 법령
- 국세기본법 제45조의2
- 국세기본법 제18조
- 조세특례제한법 제144조
- 조세특례제한법 제132조
- 조세특례제한법 제10조
4. 원고의 주장
원고는 2011년도에 발생한 석·박사 인건비에 대한 연구·인력개발비 세액공제액은 구 조세특례제한법에 따라 최저한세가 적용되지 않으므로, 이월세액공제에 해당한다고 주장했습니다. 따라서, 개정된 조세특례제한법에 따라 최저한세가 적용되어 경정청구가 거부된 것은 위법하다고 주장했습니다.
5. 법원의 판단
법원은 원고의 주장을 받아들여, 피고의 경정청구 거부 처분을 취소했습니다.
5.1. 주요 근거
- 개정 조세특례제한법의 적용 시점: 개정된 조세특례제한법 제132조 제1항 제3호는 2012년 1월 1일 이후 발생하는 석·박사 인건비 세액공제분부터 적용되는 것으로 해석해야 한다고 판단했습니다.
- 납세자의 신뢰 보호: 원고가 2011년도에 지출한 인건비에 대해 구 조세특례제한법에 따라 세액공제를 신청했고, 이월공제 기간 동안 최저한세 적용 없이 세액공제를 받을 수 있다는 기대를 가졌을 것이라고 보았습니다.
- 소급 과세 금지: 과거에 지출이 완료된 비용에 대해 개정된 법률을 소급 적용하여 세 부담을 증가시키는 것은 허용되지 않는다고 판단했습니다.
- 이월세액공제의 특성: 이월된 세액공제금액과 당해 사업연도에 새로 발생한 세액공제금액은 구분되어야 하며, 이월된 세액공제금액의 경우에는 개정 조세특례제한법이 아닌 구 조세특례제한법에 따라 최저한세 적용 여부를 판단해야 한다고 보았습니다.
6. 판결의 의미
본 판결은 연구·인력개발비 세액공제와 관련된 법령 개정의 적용 범위를 명확히 했습니다. 특히, 세법 개정 시 납세자의 신뢰를 보호하고 소급 과세를 지양해야 한다는 원칙을 강조했습니다. 또한, 이월세액공제의 성격에 따라 최저한세 적용 여부를 판단해야 함을 제시했습니다.
7. 결론
법원은 2011년도에 발생한 석·박사 인건비에 대한 연구·인력개발비 세액공제액은 구 조세특례제한법에 따라 최저한세가 적용되지 않으므로, 원고의 경정청구 거부 처분을 취소했습니다.
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출처 : 법제처 국가법령정보센터
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