비영리법인의 고정자산 처분 수입이 비과세되기 위하여는 유형자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고정자산을 고유목적에 직접 사용한 경우이어야 함  [서울행정법원 2023. 12. 12. 2022구합89234]

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비영리법인 고정자산 처분 수입 비과세 판례 정리

본 판례는 비영리법인의 고정자산 처분 수입이 비과세되기 위한 조건을 다루고 있으며, 특히 ‘고유목적사업에 직접 사용’의 의미를 폭넓게 해석할 수 있는지에 대한 중요한 기준을 제시합니다.

1. 사건 개요

국승 서울행정법원 2022구합89234 판결은 2020 사업연도 법인세 경정거부처분취소 소송으로, 종교단체인 원고가 고정자산(토지) 처분 후 발생한 수입에 대한 법인세 환급을 요구하며 시작되었습니다. 원고는 해당 토지를 3년 이상 고유목적사업에 사용했으므로 비과세 대상이라고 주장했으나, 법원은 이를 기각했습니다.

2. 쟁점 및 판단

2.1. 쟁점

본 사건의 핵심 쟁점은 비영리법인이 고정자산을 ‘고유목적사업에 직접 사용’했는지 여부입니다. 이는 법인세법 시행령 제3조 제2항에 따라, 유형자산 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 자산의 처분으로 인한 수입은 과세 대상에서 제외되기 때문입니다.

2.2. 법원의 판단

법원은 비영리법인의 사업목적이 광범위한 경우, ‘고유’ 목적사업에 ‘직접’ 사용했는지 여부를 엄격하게 해석해야 한다고 판시했습니다. 즉, 단순히 고유목적사업과 관련된 활동이 있었다는 사실만으로는 부족하며, 해당 자산이 그 활동에 실제로 ‘직접’ 사용되었음을 입증해야 합니다.

3. 주요 내용

3.1. 법리 적용

재판부는 법인세법 시행령 제3조 제2항의 해석과 조세법규 해석의 원칙을 근거로 판단을 내렸습니다. 특히 조세법률주의에 따라 비과세 요건은 엄격하게 해석되어야 하며, 비영리법인의 고정자산 처분 수입에 대한 비과세는 해당 자산이 고유목적사업에 직접 사용되도록 유도하기 위한 취지임을 강조했습니다.

3.2. 원고의 주장 및 법원의 반박

원고는 해당 토지에서 야외기도, 수련회, 수목 사업 등의 종교활동을 했다고 주장했지만, 법원은 이러한 활동이 ‘직접’ 사용되었다고 보기 어렵다고 판단했습니다. 구체적으로 다음과 같은 점들을 근거로 제시했습니다.

• 토지에 예배당 등 종교시설이 없었고, 야외활동의 빈도와 지속성이 부족함
• 제출된 사진자료가 특정 시점에 집중되어 있고, 3년 이내의 사용 내역을 입증하기 어려움
• 야외 활동이 일상적, 부수적인 활동에 불과하여 ‘고유’ 목적사업에 해당한다고 보기 어려움
• 임야 조성 사업이 정관상 목적에 명시되어 있지 않음
• 단순 관리 행위만으로는 ‘직접’ 사용으로 인정하기 어려움

3.3. 판결의 결론

종합적으로 볼 때, 원고가 제출한 증거만으로는 3년 이상 고유목적사업에 ‘직접’ 사용했다는 점을 입증하기 부족하며, 따라서 법인세 경정거부처분은 적법하다고 판단했습니다.

4. 결론 및 시사점

본 판례는 비영리법인이 고정자산 처분 수입에 대한 비과세를 받기 위해서는 단순히 고유목적사업 관련 활동을 했다는 점을 넘어, 해당 자산이 그 활동에 ‘직접’ 사용되었음을 명확하게 입증해야 함을 보여줍니다. 비영리법인은 고정자산의 사용 목적, 사용 방법, 관련 증빙 등을 꼼꼼하게 관리하여 향후 발생할 수 있는 세금 관련 분쟁에 대비해야 합니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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