조사대상 납세의무자, 세목, 과세기간이 서로 상이하므로 금지되는 세무조사라 볼 수 없음; 분할신설법인의 사업개시일을 분할법인의 사업개시일부터 기산하는 것은 법인세법상 적격분할일 경우에만 가능함  [의정부지방법원 2025. 1. 14. 2023구합10469]

법인세 부과 처분 취소 소송 판례 분석

1. 사건 개요

본 판례는 A 주식회사가 2017 사업연도 및 2018 사업연도 법인세 부과 처분과 2016년 4월 귀속 증권거래세 부과 처분에 불복하여 제기한 소송입니다. A 주식회사는 법인세법 및 상속세 및 증여세법 관련 규정 위반을 주장하며 해당 처분의 취소를 구했습니다.

2. 쟁점 및 원고의 주장

• 재조사 금지 위반 여부:

  A 주식회사는 기존 세무조사 이후 동일 세목 및 과세기간에 대한 재조사로, 국세기본법 제81조의4 제2항을 위반했다고 주장했습니다. 또한, 세무조사권 남용이라고 주장했습니다.

• 절차적 하자:

  A 주식회사는 B 주식회사에 대한 사전 통지 없이 세무조사가 이루어졌고, 결과 통지가 미흡하여 국세기본법 제81조의7 및 제81조의12를 위반했다고 주장했습니다.

• 주식 가액 산정 오류:

  A 주식회사는 B 주식회사의 사업 개시일을 A 주식회사의 사업 개시일로부터 기산해야 하며, 이에 따라 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제1항을 적용해야 한다고 주장했습니다.

3. 법원의 판단

3.1. 재조사 금지 위반 여부

• 법원은 이 사건 조사 전에 있었던 세무조사들이 조사대상 납세의무자, 세목, 과세기간이 서로 상이하거나 단순 사실 관계 확인에 불과하여 재조사에 해당하지 않는다고 판단했습니다.
• 따라서, 이 사건 조사가 국세기본법 제81조의4 제2항을 위반하거나 세무조사권을 남용한 것으로 볼 수 없다고 판시했습니다.

3.2. 절차적 하자 여부

• 법원은 B 주식회사에 대한 세무조사가 이루어졌다는 원고의 주장을 인정하지 않았습니다. D지방국세청장은 A 주식회사와 A 주식회사의 대표이사만을 조사 대상으로 했으며, B 주식회사의 주식 평가 관련 자료 제출 요구는 B에 대한 세무조사로 볼 수 없다고 판단했습니다.
• 법원은 또한, 세무조사 결과 통지가 적법하게 이루어졌다고 판단하여 국세기본법 제81조의12 위반 주장을 기각했습니다.

3.3. 주식 가액 산정 오류 여부

• 법원은 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제4항 제2호의 개정 취지를 고려하여, B 주식회사가 법인세법상 적격분할 요건을 충족하지 못했으므로 B 주식회사의 사업 개시일을 B 주식회사 설립일로 기산하는 것이 타당하다고 판단했습니다.
• 따라서, B 주식회사의 주식 가액은 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제4항 제2호에 따라 순자산가치로만 산정해야 한다고 판시했습니다.
• 신의성실의 원칙 위반 주장에 대해서는, 원고가 신뢰한 예규가 이 사건에 적용될 수 없으며, 과세관청의 공적 견해표명으로 보기 어렵다고 판단했습니다.
• 소급과세 금지 원칙 위반 주장에 대해서는, D지방국세청장이 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호에 기초하여 주식 가액을 평가했으므로 소급과세가 아니라고 판단했습니다.

4. 결론

법원은 원고의 청구를 모두 기각하고, 소송비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다.

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