부가 원고와 외국법인의 협력계약에 따른 백신 제조판매 관련 공동사업

원고와 외국법인은 협력계약에 따라 백신의 제조판매를 위하여 공동사업을 영위함  [인천지방법원 2022. 10. 27. 2019구합55952]

부가 원고와 외국법인의 협력계약에 따른 백신 제조판매 관련 공동사업

1. 사건 개요

본 판례는 부가 원고와 외국법인이 협력계약을 통해 백신의 제조 및 판매를 위한 공동사업을 영위한 사례에 대한 것으로, 부가가치세 부과처분 취소 소송에서 쟁점을 다룹니다.

• 사건번호: 2019구합55952
• 관할 법원: 인천지방법원
• 판결일: 2022년 10월 27일
• 주요 쟁점: 공동사업 해당 여부, 중복 세무조사 여부, 가산세 면제 사유 존재 여부

2. 사실관계

2.1. 원고의 지위 및 협력계약 체결

원고는 백신 제조 및 판매업을 영위하는 회사로, 글로벌 제약회사인 DDD와 협력 계약을 체결하여 5가 백신(EEE)의 공동 개발 및 제조를 진행했습니다.

• 원고는 주식회사 CCC의 백신사업부를 인계받아 백신 제조 및 판매업 영위
• 2001년 4월 30일 DDD Vaccines G○○○ 및 DDD Vaccines S.○.○(이하 DDD)와 5대 소아질병 백신(EEE) 공동 개발 및 제조 협력 계약 체결 (이하 ‘이 사건 협력계약’)
• 원고는 EEE의 원재료인 4가 백신을 DDD로부터 수입, 1가 백신을 혼합하여 EEE 생산, 판매

2.2. 관련 세무조사 및 처분 경위

국세청은 원고와 DDD의 거래를 공동사업으로 판단하고, 관련 부가가치세 및 가산세를 부과했습니다.

• ○○지방국세청장은 2013 사업연도에 대한 법인제세 통합조사 실시, EEE 공동개발 및 판매를 공동사업으로 결정 (이하 ‘EEE 공동사업’)
• DDD에 대한 법인세 부과
• 국세청 감사관실은 원고와 DDD의 거래를 공동사업으로 보아 공동사업자 직권 등록, 부가가치세 납세의무 부과 지적
• 피고는 원고에게 부가가치세 및 가산세 경정·고지 (2013년 제1기 부가가치세, 2013년 제2기 ~ 2015년 제2기 부가가치세, 영세율무신고가산세, 사업자미등록가산세)
• 원고는 조세심판원에 심판청구 제기, 기각

3. 당사자 주장의 요지

3.1. 원고의 주장

원고는 DDD와 공동사업 관계가 아니며, 중복 세무조사 및 가산세 면제 사유가 존재한다고 주장했습니다.

• 공동사업 부인:
  • 원재료 판매 거래에 해당, 공동 출자 아님
  • 이익 분배 방식이 사업 성과에 따른 이익 분배로 보기 어려움
  • 손실에 대한 위험 분담 약정 부재
  • 협업 기술, 재료의 공동 소유 부인
  • 사업 운영에 대한 내부적 공동 관여 부재
  • 제품 판매의 주체로서 공동 활동 부인
• 중복 세무조사 주장: 이 사건 자료제출요구가 위법한 중복조사에 해당
• 가산세 면제 주장: 공동사업체 형성 의사 부재로 가산세 면제

3.2. 피고의 주장

피고는 원고와 DDD가 공동사업에 해당하며, 적법한 세무조사 및 가산세 부과라고 주장했습니다.

• 공동사업 인정:
  • 이익 및 손실 분배 약정 존재
  • 연구개발 비용 분담, 협력 기술 공동 소유
  • 운영위원회 운영, 공동 리콜 비용 부담 등
• 자료제출요구의 적법성: 세무조사에 해당하지 않음, 재조사 허용 사유 존재
• 가산세 부과 정당성: 가산세 면제 사유 부존재

4. 법원의 판단

4.1. 공동사업 인정 여부

법원은 원고와 DDD가 공동사업을 영위했다고 판단했습니다.

• 공동사업의 의미 및 판단 기준: 민법상 조합계약에 의거, 출자, 공동 경영, 지분 또는 손익 분배, 사업의 성공 여부에 대한 이해관계 등을 종합적으로 고려
• 구체적 판단:
  • 이 사건 협력계약, 대량공급계약, 공급 및 제조계약, 변경계약: EEE 제조·판매를 위한 공동 사업 영위 목적
  • 운영위원회(Steering Committee) 설립: 연구·개발·상업화 전반 관장, 가격 정책 검토, 연간 계획 지시·승인 및 결과 검토 등 업무 수행
  • 독점적 판매 권한 및 on behalf of Parties 명시: 공동 사업의 의미
  • 이전가격 산정 방식: 예상 총 마진의 일정 비율을 감안, 이익 분배 목적
  • 손실 분배 가능성: 원재료 이전가격 6개월마다 조정, 공장 폐쇄 지연에 따른 비용 포함
  • 협력기술, 협력재료의 공동 소유: 공동 사업을 위한 일종의 출자
  • 다중상표 사용, DDD의 연간보고서 기재 등: 공동 경영 추단

4.2. 중복 세무조사 여부

법원은 이 사건 자료제출요구가 중복 세무조사에 해당하지 않는다고 판단했습니다.

• 자료제출요구의 성격: 단순 자료 제출 요구, 납세자의 영업의 자유 침해 X
• 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호: 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우 재조사 허용

4.3. 가산세 면제 사유 존재 여부

법원은 가산세 면제 사유가 없다고 판단했습니다.

• 가산세의 성격: 납세자의 고의·과실 불문, 의무 위반 시 부과
• 원고의 책임: 공동사업 운영 방식, 내용 등을 인지, 의무 위반 탓할 수 없는 정당한 사유 부존재

5. 결론

법원은 원고의 청구를 기각했습니다.

• 원고와 DDD의 공동사업 인정
• 중복 세무조사, 가산세 면제 사유 부인
• 원고 청구 기각 및 소송비용 원고 부담

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