발급사분담금과 관련하여 부가가치세 과세표준에 포함된 법인 원천세는 적법함  [서울행정법원 2024. 11. 26. 2019구합68169]

부가 발급사분담금 관련 부가가치세 과세표준 포함 여부 판례 정리

서론

본 판례는 부가 발급사분담금과 관련하여 부가가치세 과세표준에 포함된 법인 원천세의 적법성을 다룬 서울행정법원 판결(2019구합68169)을 정리한 것입니다. 이 판결은 2003년 귀속분 세금에 대한 1심 판결로, 현재 진행 중인 상태입니다.

1. 사건의 경위

• 원고: 신용카드업을 영위하는 사업자들
• 피고: 세무서장 등
• 사건의 내용: 원고들이 해외 카드사에 지급한 분담금에 대한 부가가치세 부과 처분의 적법성 여부
• 쟁점: 부가가치세 대리납부 의무 불이행 여부, 원천세의 종국적 부담자, 그로스업(Gross-up) 계산의 적정성

2. 쟁점별 판단

2.1 원고 BB은행의 주위적 주장에 대한 판단

• 주장: 원고 BB은행은 한국CC은행의 조세채무를 승계하지 않았고, 특례 부과제척기간 적용이 부당하다고 주장했습니다.
• 법원의 판단: 납세의무는 공익성, 공공성 등을 고려할 때 특별한 규정이 없는 한 승계되지 않는다는 점, 회사 분할의 경우에도 납세의무 자체의 승계에 관한 별도 규정이 없다는 점 등을 근거로 원고 BB은행이 한국CC은행의 납세의무를 부담한다고 판단했습니다. 따라서 특례 부과제척기간 적용이 타당하다고 결론 내렸습니다.

2.2 법인세 원천징수세액 및 그로스-업 관련 주장에 대한 판단

• 원고의 주장:
  • MMM카드사가 이 사건 분담금 관련 세금을 종국적으로 부담하기로 계약이 변경되었으므로 원천세 상당액은 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다.
  • 발급사일일분담금은 사업소득에 해당하므로 원천징수 대상이 아니고, 따라서 해당 원천세 상당액은 과세표준에서 제외되어야 한다.
• 법원의 판단:
  • 원천세 종국적 부담자 관련: 계약 변경에 대한 서면 합의가 없었고, MMM카드사의 공문만으로는 계약 변경으로 보기 어렵다고 판단했습니다.
  • 발급사일일분담금 관련: 발급사일일분담금이 사업소득에 해당하므로, 해당 부분에 대한 원천세율을 그로스업하여 계산한 과세표준은 위법하다고 판단했습니다.

3. 판결의 결론

• 주문: 피고들은 원고들에 대한 부가가치세 가산세 부과 처분 중 일부를 취소하고, 나머지 청구는 기각했습니다.
• 취소 사유: 발급사일일분담금에 대한 원천세율 그로스업 계산 부분
• 기각 사유: 원천세의 종국적 부담자가 MMM카드사라는 원고 측 주장을 인정할 증거 부족

4. 판결의 의의

본 판결은 부가 발급사분담금 관련 부가가치세 과세표준 산정의 적법성, 특히 원천세의 종국적 부담자 및 그로스업 계산의 적정성에 대한 중요한 기준을 제시했습니다. 특히, 발급사일일분담금의 성격에 따라 과세 여부가 달라질 수 있다는 점을 명확히 했습니다.

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출처 : 법제처 국가법령정보센터

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