양도소득세 부과처분 취소 소송: 매매계약서상 매매대금의 중요성

특별한 사정이 없는 한 매매계약서에 기재된 대로 매매대금이 인정되어야 함  [서울행정법원 2025. 4. 11. 2024구단58329]

양도소득세 부과처분 취소 소송: 매매계약서상 매매대금의 중요성

사건 개요

본 판례는 원고가 소유한 주유소 용지 및 건물(이하 “이 사건 부동산”)을 ㈜BBB(이하 “이 사건 회사”)에 매도하면서 발생한 양도소득세 부과처분의 적법성을 다투는 소송입니다. 원고는 이 사건 부동산 매도 과정에서 토양오염 정화비용을 감액하여 매매대금을 정하였다고 주장하며, 양도가액 및 필요경비 산정에 대한 이견을 제기했습니다.

쟁점 사항

• 이 사건 매매계약에 따른 이 사건 부동산의 양도가액은 얼마인지
• 원고가 부담하기로 한 토양오염 정화비용이 자본적 지출액에 해당하는지 여부

법원의 판단

매매대금의 확정

법원은 매매는 일방이 재산권을 상대방에게 이전할 것을 약정하고 상대방이 그 대금을 지급할 것을 약정함으로써 효력이 생기는바, 매매대금은 매매계약에서 핵심적인 요소에 해당하고 특별한 사정이 없는 한 처분문서인 매매계약서에 기재된 대로 인정되어야 한다고 판시했습니다.

• 이 사건 매매계약서에는 매매대금이 xxx원으로 명시되어 있습니다.
• 이 사건 회사는 취득세를 신고·납부 시 취득가액을 xxx원으로 신고했습니다.
• 이 사건 부동산의 등기부등본에도 거래가액이 xxx원으로 기재되어 있습니다.
• 원고 역시 최초 양도소득세 신고·납부 과정에서 양도가액을 xxx원으로 신고했습니다.

법원은 이러한 점들을 종합하여 이 사건 매매계약에 따른 이 사건 부동산의 양도가액은 xxx원이라고 판단했습니다.

토양오염 정화비용의 자본적 지출 해당 여부

법원은 토양환경보전법에 따라 원고에게 부과된 의무를 이행하는 비용은 자본적 지출에 해당하지 않는다고 판단했습니다.

• 토양환경보전법은 토양오염 발생 시 토지 소유자에게 토양 정밀조사 및 오염토양 정화 등의 책임을 부여하고 있습니다.
• 원고가 지출한 토양오염 정화비용은 토지의 형질 변경이나 형상 변경, 이용 편의 증진 등을 가져오는 자본적 지출로 보기 어렵습니다.
• 소득세법 시행령 제163조 제3항에 규정된 자본적 지출액에도 해당하지 않습니다.

결론

법원은 이 사건 부동산의 양도가액이 xxx원이고 토양오염 정화비용이 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당하지 않음을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다고 판결하며, 원고의 청구를 기각했습니다.

시사점

본 판례는 부동산 매매 시 매매계약서에 명시된 매매대금이 양도소득세 산정의 중요한 기준이 되며, 토양오염 정화비용과 같이 법률에 따라 부과된 의무 이행 비용은 특별한 사정이 없는 한 자본적 지출로 인정받기 어렵다는 점을 시사합니다. 따라서 부동산 매매계약 체결 시 계약서 내용을 신중하게 검토하고, 관련 세법 규정을 정확히 이해하는 것이 중요합니다.

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