이 사건 차세대시스템 구축비용이 연구개발비세액공제 대상에 해당하지 않음 [서울행정법원 2020. 5. 8. 2018구합80353]
차세대시스템 구축비용 연구개발비 세액공제 해당 여부 판례 정리
사건 개요
본 사건은 AAA 주식회사가 BBB세무서장을 상대로 제기한 법인세 경정거부처분 취소 소송입니다. 원고는 차세대 전산시스템 구축 과정에서 발생한 비용(쟁점 금원)에 대해 연구·인력개발비 세액공제를 적용하여 법인세 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 쟁점 금원이 세액공제 대상에 해당하지 않는다는 이유로 거부 처분했습니다.
쟁점 사항
본 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다.
- 이 사건 시스템 개발이 과학기술 활동에 해당하는지 여부
- 이 사건 시스템이 전사적 기업자원 관리설비(ERP) 등 시스템에 해당하여 세액공제 대상에서 제외되는지 여부
법원의 판단
과학기술 활동 해당 여부
법원은 원고가 제출한 증거만으로는 이 사건 시스템의 개발이 과학기술 활동임을 인정하기에 부족하다고 판단했습니다. 그 근거로 다음과 같은 사정을 제시했습니다.
- 이 사건 시스템은 기존 소프트웨어의 응용 또는 개선 방식으로 개발되었고, 수행 기능 면에서 다른 금융기관의 차세대 시스템과 본질적으로 다르지 않다.
- 수탁사와의 계약에 완료 기한 및 지체상금 규정이 있는 점에 비추어 개발 실패 가능성이 크지 않았던 것으로 보인다.
- 수탁사와의 계약은 시스템 공급을 목적으로 하는 계약이므로 연구개발에 투입된 비용을 특정하기 어렵다.
쟁점 예외규정 적용 여부
법원은 또한 이 사건 시스템이 전사적 기업자원 관리설비(ERP) 및 그와 유사한 시스템에 해당한다고 판단했습니다. 그 근거로 다음과 같은 사정을 제시했습니다.
- 쟁점 예외규정은 ‘전사적 기업자원 관리설비 및 그와 유사한 시스템’을 의미하며, ‘그와 유사한 시스템’은 기능적으로 ‘기업의 업무를 효율화하는 시스템으로서 그 개발위탁비용이 범용화된 시스템의 구입·응용 또는 개선을 위한 것으로 평가될 수 있는 것’을 의미한다.
- 이 사건 시스템은 원고의 업무 수행을 효율화하기 위한 것이고, 전자상거래, 고객관계 관리 및 상품개발 등의 기능이 통합되어 있다.
- 이 사건 시스템의 개발이 과학적·기술적 불확실성의 체계적인 해소를 위한 것이었다고 보기 어렵다.
판결 요지
법원은 이 사건 시스템 개발이 과학기술 활동에 해당하지 않고, 설령 이에 해당한다고 하더라도 쟁점 예외규정으로 인해 쟁점 세액공제의 대상에서 제외된다고 판단하여 원고의 청구를 기각했습니다.
판결의 의미
본 판결은 차세대 시스템 구축 비용에 대한 연구개발비 세액공제 적용 여부를 판단하는 데 있어 중요한 기준을 제시했습니다. 법원은 단순한 시스템 개선이나 업무 효율화 목적의 개발은 과학기술 활동으로 보기 어렵고, ERP 등 범용화된 시스템 개발 위탁비용은 세액공제 대상에서 제외된다는 점을 명확히 했습니다.
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출처 : 법제처 국가법령정보센터
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