법인세 부과처분 취소 소송: 중복 세무조사 및 리서치 수수료 부담금 산정의 적정성

중복세무조사 해당 여부, 원고의 리서치수수료 부담금을 다른 연도의 TRS기여율 평균으로 산정한 처분의 적정 여부 [서울행정법원 2018. 1. 19. 2017구합62204]

법인세 부과처분 취소 소송: 중복 세무조사 및 리서치 수수료 부담금 산정의 적정성

1. 사건 개요

본 사건은 법인세 부과처분 취소 소송으로, 2010 사업연도 법인세 부과 처분에 대한 원고의 불복으로 시작되었습니다. 주요 쟁점은 세무조사의 중복 여부와 리서치 수수료 부담금 산정 방식의 적정성이었습니다.

2. 쟁점별 판단

2.1. 중복 세무조사 여부

2.1.1. 원고의 주장

원고는 2014년 9월에 이루어진 세무조사가 2006, 2007 사업연도 세무조사와 관련하여 중복된 조사라고 주장하며 위법성을 제기했습니다.

2.1.2. 법원의 판단

법원은 2006, 2007 사업연도 조사 과정에서 2010 사업연도 관련 오류가 발견되어 조사가 확대된 점을 근거로, 이는 중복 조사에 해당하지 않는다고 판단했습니다. 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라, 당초 조사에서 제외된 항목에 대한 추가 조사는 재조사에 해당하지 않는다는 대법원 판례를 인용했습니다.

2.2. 리서치 수수료 부담금 산정 방식의 적정성

2.2.1. 원고의 주장

원고는 TRS 기여율을 기준으로 한 부담금 산정이 합리적이지 않으며, 특히 2010 사업연도에 2010년 이후의 TRS 기여율을 소급 적용한 것은 위법하다고 주장했습니다. 매출액 기준의 안분이 더 합리적이라고 주장했습니다.

2.2.2. 법원의 판단

법원은 TRS 기여율을 기준으로 한 부담금 산정이 합리적이라고 판단했습니다. 다음과 같은 근거를 제시했습니다.

리서치센터의 주된 업무는 리서치 보고서 작성이며, 인건비가 가장 큰 비중을 차지합니다. TRS 기여율은 애널리스트들의 투입 시간을 반영하므로 급여와 가장 관련이 있습니다.
금융감독원의 지적에 따라 TRS 시스템이 구축되었고, 원고도 이에 따라 분담금을 지급해 왔습니다.
TRS 기여율은 인력 투입 시간뿐만 아니라 업무 관련성도 반영합니다.
매출액을 기준으로 할 경우 원고가 과도한 비용을 부담하게 될 수 있습니다.
2010년 10월부터 TRS 기여율 산정 자료가 존재하며, 피고가 2010 사업연도에 대해 2010년 10월부터 2011년 12월까지의 평균을 적용한 것은 합리적입니다.